爆炸沒有發生，大家都放心了。柯南埋怨不該相信千鈞的糊涂推理，幸好小蘭剪斷了藍線。千鈞有些疑惑，自己的判斷真的錯了嗎？麻美問千鈞，「這個小孩是誰，說話好奇怪。」千鈞只好將柯南介紹給麻美，麻美非常喜歡，覺得柯南好可愛，就將柯南接過來抱在懷里。柯南趁機用手模麻美的前胸柔軟處，千鈞暗道，這家伙，每次都這樣佔便宜。隨後，在大家震撼中，千鈞用烏金重劍加上土木系力量擊破了那些岩石和堵死的大門，鑿穿了通道。里面的人都跑了出來，麻美將柯南放下，她的同學們也都從上面下來了，就這樣，麻美被同學們簇擁著離開了。小蘭走出來，也沒有看到麻美。
隨後大樓外，上演了一幕幕悲歡離合的喜劇，大部分人都逃了出來，跟家人朋友擁抱歡呼，但也有不少人葬身大樓，家人痛哭失聲。也有人生死未明，他們的家人還在焦急的等待。超過上千人受傷，到處都是忙碌的身影。妃英理抱著小蘭放聲大哭，小五郎也第一次喜極而泣，目暮警官大力拍著他的肩膀，「太好了，毛利老弟，小蘭這不是平安無事了嘛！」千鈞放下柯南，卻受到了父母、小妹的嚴厲批評，千鈞為了調節氣氛，擺了個很酷的姿勢，「我是不死鳥、火鳳凰，偉大的鳳凰戰士又復活歸來了！」曉月撲哧一聲笑出聲來，鳳凰戰士是她的動畫里面的杰作，形象已經深入人心了，連橫野正一都知道是什麼意思。代子的眼淚又忍不住流下來，「你這個孩子就不讓我省心，沒有正形，什麼事情到你那里都變味了！」
幾個女孩一起上去飽以粉拳，「讓你害我們擔心！」「讓你不接手機！」「讓你逞能！」「下次再亂來，咱們就沒完！」看著他們在一起嬉鬧，藤野樹人和阿笠博士都露出欣慰的微笑。橫野正一道，「有機會，我要好好教訓一下這個小子！他還真以為自己是外星人了！」新莊劍仁也有同感，「無知者無畏，不讓他吃些苦頭，以後還要亂來的，我這個師父也有很大責任啊！」花井有些好奇，「千鈞，你是怎麼做到的？就憑這把劍？能不能讓我看看……」千鈞笑著將烏金劍遞給花井，「亞希子，劍很重的，今天可全虧了它才能順利把大家救出來。」
花井接過來，可根本就拿不動，只好雙手勉強拖住了劍柄，「我的天，太重了……」千鈞急忙將劍取回來，花井擦汗，「你真的像是外星人！」直子笑道，「他才不是什麼外星人，是個怪物。就像小說里面的那些大力士或者超級猛將一樣！」靜楊也道，「千鈞如果生在冷兵器時代，一定是勇冠三軍的大將！」小雅接話，「以前我看那些演義小說，里面總有一兩個力大無窮的萬人敵，我原本以為都是夸張，後來就知道這個世上真有這樣的變t！」千鈞黑臉，「小雅，你能不能用點好詞？……」
大家正在嬉鬧之際，森谷教授冷笑，「別高興太早了，中間樓層的炸彈就要爆炸了！里面還有不少被困的人吧！」白鳥急問，「你到底把炸彈裝在哪里了？」森谷攤手，「我怎麼知道？現在都坍陷成這樣，我也不知道掉到哪里了，哈哈……」這時，樓層里面傳來歡呼聲，拆彈組報告松本警視，第二顆炸彈順利拆除了。森谷帝二臉色變得很難看，「怎麼可能呢？你們怎麼這麼快就找到了那顆炸彈？」柯南也好奇，千鈞笑道，「我在沖上高層時，在某個樓層發現了炸彈的大概位置，隨後就告知了拆彈組組長。我們從上面下來時，他們就找到炸彈的具體位置，開始拆彈了。」「你的第六感也太強了，難道你真的是聖士嗎？」「哈哈，這是平成年代最大秘密了！」
毛利夫婦正在向目暮、松本道謝的時候，無數記者蜂擁而上，請毛利偵探講幾句，他們都誤以為森谷帝二是毛利偵探抓獲的。小五郎立即開始吹噓，「說實話，這次的炸彈事件，犯人想毀了我名偵探的聲譽，才會設計我女兒小蘭掉到他的陷阱里……」妃英理實在看不下去，叮囑小蘭，「你離那個偵探男朋友遠點，每次都弄出這麼危險的事情來，要你跟他分手，就是不听……」小蘭見媽媽開始嘮叨，「這次不是成功月兌險了？我自己的事我自己做主……」「這次？還有下次啊？你不可能每次都這麼幸運……」小蘭急忙轉移話題，「媽媽，你要不要趁這個機會跟爸爸和好？」妃英理哼了一聲，看了一眼還在吹牛的小五郎，「我可不想人們知道我的丈夫是個吹牛說大話的糊涂偵探！我先回去了，你趕快回家吧！」
小蘭答應一聲趁機離開，去找新一。柯南剛剛用變聲器以新一的名義打電話將麻美哄回家，麻美走的時候將一件藍色襯衫交給阿笠博士，托他轉交給新一，博士苦笑著答應下來。小蘭跑過來，「柯南，你是擔心我才來的吧？」柯南點頭，小蘭奇怪，「你那個繃帶是怎麼回事？」柯南撓頭，「剛才不小心跌倒了，呵呵。」小蘭叮囑他以後小心點，「你有沒有看到新一？」柯南假裝一愣，「奇怪，他剛才還在這里跟千鈞哥哥說話呢。」小蘭大為惱火，「人家好容易買了禮物要送給他的。」
柯南急忙轉移話題，「說起來，新一哥哥剛才一直覺得不可思議，他以為小蘭姐姐一定會按照他和千鈞說的將2條線都剪掉的，不懂你為什麼改變主意剪掉了藍線？」小蘭一愣，「沒有啊，我本來真的打算剪掉藍線的，不過我相信新一和千鈞的共同判斷，我也覺得那個陰險的教授不會給我們50%的機會逃生的，所以就將2條線同時剪掉了。」柯南這才明白，自己錯怪了千鈞，千鈞的判斷是正確的，幸虧小蘭沒有听見自己最後的告誡。
二人說話間，看到園子從遠處喊著「小蘭」跑過來，小蘭立刻迎上去，二人抱在一起，園子大哭起來，小蘭反而安慰起園子來。原來，園子看到新聞後，想起小蘭她們都在這里，擔心的要命，就要立即趕過來，家里人怕她有危險，一直攔著。等到電視上播出第一個炸彈被拆掉後，園子才擺月兌家人出來。
大家說話之際，千鈞抬頭，見高層的大火越來越大，大叫，「不好，第3個炸彈要被大火引爆了，我們快離開這里！」大家都吃了一驚，急忙向遠處跑去。松本和目暮等人臉色大變，松本拿起揚聲器，大聲呼喊，讓大家趕快疏散。森谷帝二哈哈大笑，在笑聲中，爆炸終于傳來，整個高層就像給掀開了蓋子一樣，帶著火球、凌厲的碎片像流星火雨一般向四面八方飛射而去，附近的建築都被波及起火，現場直播的2架直升飛機被當場擊中，高空中引起火球，如同盛大的煙花四射，絢麗多姿。而偉大的生命有時候就是那樣的脆弱，爆炸摧毀了一切。
千鈞拿著重劍在後面給家人、朋友們斷後，不斷擊落空中落下火球和石塊。千鈞的強大，第一次完整地展現出來，尤其是花井的震撼最大，她親眼看見一個火球向自己這邊飛過去，卻被千鈞隨手揮劍劈開，掉落到其他方向。新莊武平露出笑容，「千鈞的以氣御劍終于大成了，好好好！」他們這些人只是驚訝千鈞的能力，而其他人就沒有那麼幸運了。不少人被火球擊中，慘叫著在地上滾動。無數的車輛，包括消防車、警車、救護車被擊中後發聲大爆炸，那些氣墊都被點燃，沖天的火焰映紅了大樓四周。一些聰明機警的人，見來不及跑出去，就逃到大樓里面，暫時保住了小命。更多的人不是被石塊擊中死亡或者重傷，就是被火球引起的車輛爆炸波及飛向高空，魂歸大地。
5分鐘後，爆炸和火焰終于結束了，摩天樓的高層都消失了，樓上的大火也漸漸消弱了。樓里救援隊員、消防隊員、拆彈組、防爆組還有沒有離開的人、被困的人大多數都平安無事，也有倒霉蛋被波及到，受了輕重不等的傷，但沒有人當場死亡。摩天樓四周，卻變成了人間地獄。斷肢殘體、車輛殘骸以及彌漫在空中燒焦的汽油味道，發散的炸彈氣息，構成一幅恐怖的災難畫卷。
逃生的警官們鴉雀無聲，所有人都驚得說不出話來，森谷帝二在白鳥和高木的拉拽下也逃過此劫，在旁邊喋喋不休的惋惜，「可惜啊可惜，爆炸的場面非常燦爛，充滿了藝術美感，但不夠宏大，要是那2顆炸彈也先後爆炸，這周圍就可以夷為平地了，那才是完美的藝術，建築就算消亡也應該像櫻花一樣凋零飄落充滿美感。」大家氣得七竅生煙，佐藤掏出手槍就想擊斃森谷，目暮警官和松本警視急忙抱住她，奪下她的手槍，「佐藤警官，你冷靜點，法律會給他一個公正的判決，你不可以這麼做！」「為了這種超級人渣，不值得的！」大家也都紛紛勸阻，才把佐藤的怒氣安撫下去。
剛才散在大樓周邊的人，能有一半逃出來，就算不錯了，當中有不少是樓里人的家屬，更多的是好奇圍觀湊熱鬧的群眾。千鈞他們這幫人都比較幸運，因為千鈞及時示警，大家搶先跑開，多數人都沒有事情，只有個別人被瓦礫擦傷。令大家驚奇的是，因為被記者圍住，落在後面的小五郎，居然毫發無損地逃了出來，他身邊的記者就沒那麼幸運了，消失了一半，剩下那一半也是人人帶傷，大家感嘆這家伙真的死神，小蘭慶幸，還好媽媽剛才離開回去了。
周圍都是哀嚎慘叫聲，大家親眼看見剛剛月兌離劫難的一對情侶，被火球擊中燒得面目全非，體無完膚。他們的家人僥幸逃生，在旁邊放聲大哭。他們剛才還在慶祝劫後余生，誰知道災難隨後又來了，那種悲喜失落、巨大的打擊讓很多人都暈了過去。空氣中彌漫中燒焦氣味，天空開始飄落黑雨，死者的樣子慘不忍睹，受重傷的人也淒厲哀嚎。女孩們都不敢再看了，捂著鼻子轉過身去。幸存的人也都害怕了，爭先恐後地離開，「快跑吧！」「說不定還有炸彈！」「這里太危險了！」「警察干什麼吃的，還有炸彈啊，為什麼不早點告訴我們啊！」
松本警視臉色很難看，這下東京警視廳不知道怎麼向上面交代，這次死亡的人數恐怕不下千人，受傷的更多，不知道多少人家破人亡。目暮警官揪住森谷，「混蛋，大樓里面還有炸彈嗎？你到底裝了多少炸彈。」森谷冷笑，「我早就告訴過你們了，是你們自己太大意了，以為拆掉了2顆炸彈就高枕無憂了，簡直太天真了！放心吧，最大的炸彈也爆炸了，剩下的都是些小炸彈，威力不大，那是我用剩下的火藥和材料胡亂制成的，最多也就能炸死幾個人而已……」「這個混蛋，你會下地獄的！」松本警視咬牙，「讓所有群眾、記者都馬上離開，我們再也承受不起任何損失了。在場的所有的警員都到里面救人，讓消防局、醫院加派人手，所有的警察都上街巡邏，防止有人趁亂打劫，我馬上調集更多人來救援。」
毛利偵探走過來，「目暮警官，松本警視，我以前也是警察，我可以留下來幫忙的。」所有的警察都露出恐懼的神色，目暮警官咳嗽一聲，「毛利老弟，你的好意我們心領了，可你畢竟已經退出警界了。你也要為女兒著想，不是嗎？」小五郎想起小蘭，只好點頭，轉身招呼小蘭和柯南一起離開。警察們都松了一口氣，「這個死神總算走了！」「我可不想跟他在一起共事！」「太危險了！目暮警官不該帶他過來的！」「是啊，剛才在他身邊的記者不是掛掉就是重傷，他竟然一點事情都沒有，太邪性了！」
目暮警官猶豫一下，咬了咬牙，「佐藤，你把森谷帝二先押回警局，順便向上峰報告這里的詳細情況，然後在警視廳待命，負責居中聯絡。這是命令，不準討價還價，馬上走！」大家都明白，目暮不想佐藤留在這個危險的地方，不過，大家也都不想佐藤有任何危險，都露出善意的微笑。佐藤無奈，押著森谷帝二離開。警官們立即開始著手搶救那些還有生息的遇難者，一會兒，來了更多的救援人員，整個東京都被調動起來，當局甚至出動了地震救援小組協助搜救生還者。
千鈞他們也都一起離開，大家開來附近的車大都被摧毀了。也有幾個人的車停在遠處的停車場，幸免于難。正在發愁之時，橫野一夫親自開車領著一幫保鏢手下過來接人，他也知道了事情的嚴重性，並親自帶隊來接應家人。隨後大家都陸續接到朋友們的電話，詢問是否平安。千鈞接到很多朋友的電話，猿野飛霄、土曾普立、田口立彬、文良、雲靈、淺井成實、藤森香保留、會澤、中道、財城武彥、旗本夏江、澤木葉子、岡谷典子、松本小百合、竹中一美。
到最後，表妹千尋和舅媽波野、外公千水一木都打來電話，他們在關西也看到了現場直播。剛剛離去的內田麻美也打來電話，千鈞笑著告訴他新一也很平安。大阪服部平次也來電話問好，千鈞跟他笑鬧幾句，平次氣惱，掛斷電話，「真是的，有這個超級怪物在，工藤怎麼也不會有事的，我早該想到的，還被他們兩個奚落一番。」柯南也收到偵探團的問候，還有工藤夫婦從國外的緊急長途。就這樣，工藤新一的生日在最難忘的夜晚來到了，所有人都永遠記得摩天樓的大災難，以及難忘的各種情感，親情、友情、愛情。天邊開始出現彩霞，太陽就要升起來來，新的一天又到來了，災難即將過去，美好的希望依然在前面招手。
森谷帝二人雖然惡劣，但沒有撒謊，剩下的炸彈威力的確不大，在經過一天一夜的搶救後，還是有不少人被從樓里救出來，救援隊也找出了不少遇難者的尸體，各個醫院都人滿為患。雖然救援隊依然沒有放棄最後希望，還在大樓廢墟中用生命探測儀尋找幸存者，但大家都知道剩下的應該沒有多少人能生還了。警視廳已經盡了最大的努力，有多位警員殉職，也因此得了社會各界的諒解，更何況他們還抓到了凶手。工藤新一爽快地將這次抓獲森谷帝二的功勞都推掉了，讓給警視廳，既賣了人情給東京警視廳，又掩藏了自己仍然在世的消息。只有千鈞抱怨，一個s級獎勵就這樣沒有了。
尾聲，經過事後統計，引爆摩天樓之案中，有將近800人死亡（其中包括不少被波及到的群眾和記者），受傷人數達到3千人，其中重傷也有900多人，比松本警視估計的死亡人數要少很多。目暮他們都明白，這多虧了千鈞和新一的幫助，還有救援小組等人的努力，有超過3千人完好無損地逃出米花市大樓。森谷帝二因策劃多起縱火、爆炸等k怖行動，造成重大的傷亡和經濟損失，被法庭判處死刑。警視廳功過相抵，沒有受到懲處，除去殉職的警員和拆彈組、救援隊，其他警員也都沒有受到嘉獎。柯南猛然發現自己與小蘭之間沒有紅線，身為柯南毫無希望。千鈞卻驚奇發現，花井亞希子對自己的態度開始有了轉變，不再是以前那種冷冰冰拒人千里之外的表情。