毛利道，「關于這一點，待會只要查看一下玻璃彈痕的四周，一定會發現魯米諾發光反應的。反應也許不強，不過你在開槍的時候，玻璃上一定多少沾了你的血液，但只要檢驗，一定可以發現……」鯨井暴跳，站起來大吼，同時身體退到玻璃彈孔前，「不！不是我，這是個陷阱！一定是什麼人要害我入罪的陷阱！」說著話，鯨井用手臂繃帶外的鮮血去蹭玻璃。千鈞急忙抓住他的手臂，「混蛋，你想破壞罪證啊！」鮫崎更是憤怒，直接揪住鯨井的衣領，「老小子，事到如今，你還想嘴硬啊你！可惡，敢耍我！」
鯨井覺得手臂大概蹭到了玻璃，奸笑起來。毛利嘆氣道，「今天晚上的星星還真是漂亮啊！」鮫崎道，「你在說什麼啊，毛利？」千鈞望向海面，「船的左舷有燈光，就像一顆星星一樣不斷地靠近。」那是一艘打著探照燈的機動漁船，披著毯子站在船頭的人，正是服部平次。
平次得意地招手，仿佛英雄歸來一樣，然後沒形象地打了個噴嚏，大窘。毛利道，「對，服部平次就是第一個發現了蟹江被吊在船頭下面，然後被鯨井硬生生地擊落了海中的證人。」千鈞道，「鯨井先生，你真是笨蛋！玻璃窗上未必會有魯米諾反應，你剛才的舉動分明是不打自招啊！這里所有的人，都看到了你的行為……」
鯨井臉色蒼白，癱軟無力，跌坐在地上。毛利道，「鯨井先生，這下你就沒有辦法月兌罪了吧！」鮫崎問道，「可是，毛利，你怎麼會知道蟹江不是殺人凶手呢？」毛利道，「與千鈞的排除法分析不同，我更看重實證。之所以斷定蟹江不是凶手，是看他的手表。一般戴在右手的手表，調整鈕都在左邊，但是焦尸的手表卻戴在左手上。我就立刻排除了蟹江是殺人凶手的可能。要讓死者扮成自己的樣子，世上應該不會有人把手表戴錯手才對吧！」
海老名道，「我想起來的，的確，在餐廳時，蟹江的金表是在右手腕的。」磯貝道，「沒錯，而發現的那具焦尸上，金表是在左手。」鮫崎感嘆，「沒想到自己兄弟過去炫耀的金表，會在緊要關頭，讓你栽了個大跟頭！」鯨井氣得發抖，「可惡，我太大意了，竟然沒注意到這個細節！可是，我不明白，華森偵探對吧，你為什麼會一開始就懷疑我呢？」
千鈞道，「是害怕時的舉動。在甲板上，看到葉才三留言時，你假裝害怕的要死，可是人卻單獨向前走，一直走到欄桿前，才猛然轉身，那時剛巧船尾爆炸……當時，平次他們都以為是巧合。可是，你想看看，一般人害怕的時候，會本能地向人群里面躲藏，或者躲在大家身後，再或是最信任的人身邊，跟其他人擠在一起，就像小蘭害怕時那樣。而不是把自己置于最前方孤立無援的地方，這完全不符合正常的思維。所以，那時我就覺得你好像在故意演戲，為的就是吸引大家的目光，讓大家第一眼看到船尾發生爆炸。」
鯨井這才明白，「原來是這樣，真是該死，我怎麼把害怕時的心理狀態給忽略了呢？」毛利道，「不但如此，當初刊登這則旅行廣告的人，也是鯨井先生。這恐怕是你們20年前就說好的吧！說好追訴期滿這一天，要以古川大的名字，在報紙上刊登那則廣告。你們三個要在這里匯合後，就可以從那個秘密金庫，提出你們這20年來沒有動過的那筆贓款。」
毛利推理，「為了提這筆錢，當初開戶的印鑒、鑰匙、簽名都缺一不可。你們每個人負責保管一樣，就算20年後容貌變了，還是可以憑借這3樣東西，在聚首時來認當年的伙伴。所以，負責簽名的鯨井先生，上船後，一下子就認出了負責保管印鑒的龜田和掌管鑰匙的蟹江，就是當年一起搶銀行的兄弟。而殺人計劃也就在這時候展開了。」
磯貝道，「原來如此，你殺了他們之後，拿到印鑒和鑰匙，就可以一個人獨吞那4億元了。」鮫崎道，「笨蛋，你是聰明反被聰明誤啊！法律追訴期好不容易過了，你卻花了那麼多心思如此大費周章地殺人。」鯨井道，「我只是不服氣罷了！我想設計一個完美的計劃，把葉才三給比下去。我只是想贏那個嘲笑我計劃幼稚的黑影計劃師而已。20年前，他根本無視我的計劃。我這麼做只是想超越那個狗屁的黑影計劃師！可是，為什麼？為什麼和那個案件相關的人，這次全都擠到這艘船上來了？我根本沒有在廣告上提到葉才三的名字啊！」
鮫崎冷笑，「難道你不知道[古川大]所代表的意思嗎？」鯨井疑惑，「這個名字，筆畫很少，又很容易記，葉才三有時候會拿來作代替的名字用。除了我們兄弟之外，一般人應該不知道這個名字呀！」鮫崎哈哈大笑，「真是有趣極了！」千鈞道，「笨蛋，你跟了葉才三那麼久，都不明白嗎？」鮫崎道，「不錯，你把[古川大]三個字橫過來看看，這不就變成[才三葉]了嗎？」鯨井大汗，「這個……」
磯貝笑道，「眼看法律追訴期就要到期了，我也是因為看到這個才參加這趟旅程的。」海老名道，「我也是半信半疑，前來踫運氣的。」鮫崎嘲笑，「所以古川大根本就是葉才三游戲人間給自己取的詼諧假名。」鯨井驚叫連連，「不會吧……怎麼可能呢？」鮫崎大笑，「你根本沒辦法跟他相比啊！因為你這20年來，還被葉才三玩弄于鼓掌之間而不自知。」案件結束了，鯨井只能就此認輸。
天光放亮，平次回到了輪船上，小蘭吃驚，「什麼，你掉入了海中？不會吧！」平次道，「是真的，騙你干嘛啊！我被鯨井那個混蛋用鐵棍擊落掉入海中了。可惡，千水的推理竟然是正確的，我真是不服氣啊！不過話說回來，你們沒有發現我失蹤啊？真是太沒感情了！」直子笑道，「原來，千鈞和柯南說，你去大海里跟鯊魚共游，我們還以為是開玩笑呢！」千鈞大笑，「看來，你的狗運不錯啊，沒有跟鯊魚一起去海龍宮玩……」平次這個氣，「混蛋，我都差點沒命了，你還這樣冷嘲熱諷！」
小蘭打圓場，「不過，你能得救，真是太好了！」平次道，「我漂在大海里時，是那個漁夫大叔把我撈起來的，不然我就真的要喂鯊魚了。」柯南笑道，「能在晚上深海中遇到漁船，平次哥哥才真正地好運呢！」平次沒好氣，「好運？我當時可憐死了，不但得在深海里月兌掉衣服，還要拼命地用手電筒向遠處的漁船打信號！你們竟然都沒有感覺！」千鈞道，「奇怪啊，我和柯南听到聲音後，來船頭看過，沒有發現你啊！」平次怒道，「那時輪船突然加速開過去了，我又忙著在水里月兌衣服……」
小蘭紅著臉道，「那你當時月兌光了啊！」平次苦著臉，「那還用說，你穿那種衣服試試看，吸了水重的要死……弄不好，還會因滅頂之災多一條冤魂呢！」說著話，平次突然掀開了毯子，露出了身體。小蘭和直子驚叫著轉過身，千鈞呵斥，「喂，不準耍流氓，不然就扔你下去繼續陪伴鯊魚！」平次惱怒，從脖子上取下一個寫著字的護身符，「拜托，你們看清楚一點！我唯一沒月兌的，就剩下這條短褲了！跟一個不知道什麼時候，塞入我口袋里的……這個護身符而已！」
平次想起了和葉的堅持，「真是的，誰知道這東西有用沒用啊！」猛然，平次看見大家都在注視自己，急忙遮住身體，有些尷尬，「什麼，干嗎啊？」小蘭笑道，「來不及了，不用裝了！看到和葉送的護身符，都不知道魂飛到哪里去了！」直子笑道，「看來，和葉的護身符，還是很有用的嘛！」平次嘴硬，「不是不是，我剛才還在想，這種不吉利的護身符還是丟掉的好……不過，我也不想因為這個遭到天譴，還是留著好了！」柯南吐槽，「那你就別忘了啊！」千鈞大笑，「我也看清了，護身符上寫著，[別忘了隨身帶著，傻瓜]！」
輪船到了小笠原後，保安廳的警察們正式逮捕了鯨井定雄，20年前的搶劫案終于落下了帷幕。當然，海老名稔同樣被警方請去喝茶，原因自然他是帶上船的定時炸彈。其他人卻都可以放心進行旅行了，在小笠原觀看熱鬧的海豚表演。當年的凶手不是死了，就是落網，女兒大仇得報，鮫崎島治放下了多年的心事，與毛利小五郎開懷暢飲。對磯貝渚而言，雖然父親已死，但仇人也都伏法，也算了了多年的夙願。小蘭和直子在柯南、千鈞、平次的陪同下，在小笠原玩得非常愉快，所有的花費都來自鯨井給平次的10萬委托費。
尾聲，因涉及20年前舊案，新佛尼號案件被移交給東京警視廳處理。鯨井定雄20年前的搶劫案、殺死葉才三的事件，因過了法律追訴期都不再追究。但他為了獨吞贓款連續殺死龜田照吉、蟹江是久，又將服部平次擊落大海，因此法庭加重判處了30年徒刑。海老名稔為愛人美海報仇，攜帶炸彈上船，差點給所有在船人員造成危害，但所幸最後無事，在鮫崎島治的說情下，警方拘役海老名3個月，以示懲罰。毛利小五郎因破獲新佛尼號連續殺人案件，東京警視廳給以a級獎勵。鮫崎、千鈞、平次因協助破案有功，也被給以了c級獎勵。
當然，柯南同學是一毛錢也撈不著的。回到東京後，在阿笠宅，柯南自然是牢騷滿月復，灰原照舊嘲諷一番。猛然見，千鈞想起一個問題，「毛利大叔今年是37歲吧？我記得他說過20歲上大學時，他們夫婦就有了小蘭……」柯南道，「是啊，有什麼問題嗎？」千鈞道，「問題大發了，我的大偵探！我問你，葉才三他們4人搶劫銀行的案件發生哪一年？」阿笠博士奇怪，「20年前啊！」千鈞道，「那20年前的話，毛利大叔豈不是才17歲？應該還在上高中吧！怎麼可能是鮫崎組長的助手呢？」
柯南有些發蒙，一時間不知道該怎麼答話。灰原也皺起眉頭，「是啊，的確很奇怪。會不會毛利跟你們一樣，在高中生時代就協助警方辦案了？」柯南搖頭，「應該不是，鮫崎組長親口說過，他們是一起追查那起案件的負責人。如果大叔只是作為高中生簡單地協助，他就不會這樣說了。」阿笠博士道，「而且警方應該也不會找一個寂寂無名的高中生來協助調查如此驚天大案。除非毛利當年也有新一這樣的名聲，或者像服部平次一樣，有身在高位的父親。」灰原分析，「如果他真的很厲害，那件4億元銀行搶劫案，也不會等了20年才告破。那麼，剩下的就只能是……」
為了問清原委，柯南以工藤新一的名義，打電話給目暮警官詢問此事。目暮警官回答，「那的確是20年前的案子，這一點不會錯的。但那時候，毛利因為一個特殊的原因，介入了此案，作為鮫崎的助手一起追查案件。」其他再詳細的情況，因涉及到保密的問題，目暮就不肯透露了。千鈞感嘆，「果然，毛利大叔，也是個深藏不露的人物啊！」柯南不相信，「除了喝酒以外，我實在看不出大叔有哪點深藏不露的！而且，我和小蘭從小一起長大，也從未听說過大叔有什麼顯赫的身世……」灰原支持千鈞，「毛利小五郎背後必定有我們不知道的秘密！」