排練了一會兒後，光彥發現海部老師不見了。浪客中文網元太也察覺到其他三丁目的孩子們也不見了。文乃看見還有一個男孩和女孩在玩紙牌，就詢問他們，可是兩個孩子也不知道原因。步美心細，察覺其他孩子的人偶也消失了。元太道，「真的哎，老師的人偶也不見了。」柯南覺得事情的發展似乎有點像劇本了。元太猜測是不是回家了，光彥認為在這樣的濃霧下是不可能的。听到外面似乎有奇怪的聲音，光彥臉色大變。柯南帶頭跑到玄關處查看，可是霧太大了，什麼都看不見。但柯南在屋子外附近發現了腳印。
等偵探團回到房間，發現原來在屋里的男孩和女孩也一起消失了，不見的還有他們兩個人的人偶，現在只剩下了少年偵探團5人的人偶。柯南也冒汗了，「這玩笑開得有點大了。」步美害怕了，「這個與《無人生還》完全一樣啊！」元太驚叫，「人偶劇變成真的了！」根據光彥的劇本，人被殺死後，人偶也會消失。元太讓光彥別亂講，文乃擔心那些不見孩子的安全。柯南讓大家冷靜，「事情還不能斷定。」
發現後門似乎有動靜，柯南立即跑了過去。光彥和元太、步美緊跟而來，打開後門，外面依然是濃霧彌漫，但留有很多小孩子的腳印，還有一個大人的腳印。光彥懷疑是剛才站在外面男子的腳印。柯南卻發現，兩次的腳印大小並不相同。光彥記得高原管理員說過，今天租出去的度假屋，只有這里，其他的地方距離這里都很遠。柯南斷定，「這個度假區一定發生了什麼事情。」光彥推測，「一定是度假屋風暴干的。」光彥認為強盜將其他人都抓走關起來了，然後趁機搶劫這個地區。
元太認可了光彥的推理，「那就讓我們少年偵探團將度假屋風暴抓出來吧！」步美大叫，「少年偵探團出動了！」幾個人嚷嚷著行動，柯南忽然問道，「文乃呢？」步美等人這才發現，文乃沒有跟上來。柯南大叫不好，4人急忙向里面跑去。果然，文乃不見了，同時消失的還有她的貓咪人偶。元太三人都大叫起來，這才有點害怕。柯南覺得這件事太詭異了一點，「就算是度假屋風暴，帶走小孩還可以理解，但是為什麼連人偶也一起拿走了呢？完全搞不懂。」
柯南提議去報警，就去撥打電話，但是電話不通，似乎被人動了手腳，少年偵探團被困在了濃霧中。柯南決定去別的管理處，總會有人的。大家贊成，柯南去找手電筒和蠟燭，來的時候還看見過，現在去找不到了。光彥納悶，「到了之後，我檢查過，確實有的啊！」柯南無奈，「可能被人拿走了。」元太問道，「被誰拿走了？」光彥想當然認為是度假屋風暴。步美道，「霧這麼大，沒有手電筒，就算到附近的管理處也很容易迷路的。」
光彥建議先從這個屋里尋找線索，柯南覺得希望不大，但還是同意了，「希望千鈞、高木警官他們能夠及時趕回來。」為了不再被各個擊破，光彥讓步美和元太原地待命，自己跟柯南去尋找線索，柯南苦笑，「真是拿他沒辦法。」柯南讓元太照顧好步美，就跟光彥離去了。步美叮囑二人小心。柯南和光彥去了海部的房間調查，發現了一張附近的地圖，其中幾個度假屋還畫上了記號。柯南在海部的行李袋中，發現了很多工具，比如扳手、螺絲刀之類。光彥對海部起了懷疑。步美和元太的叫聲傳來，二人急忙向回跑。
二人返回到木屋大廳，步美和元太也不見了，只剩下了柯南和光彥的玩偶，猴子與老鼠。現在只剩下兩人了，光彥認為海部老師就是幕後的凶手，很有可能就是度假屋風暴，而地圖和工具箱就是證據。光彥自信滿滿，「在濃霧下的木屋，最適合的就是人偶劇本。竟然連我們也騙，絕對不能原諒！」柯南質疑，「人不見了，可以講通，可是為什麼連人偶也不見了呢？這不像是度假屋風暴的做法。高木警官說過，度假屋風暴殺人不眨眼，凶殘至極，綁架小孩不是他的作風。」光彥認為柯南想太多了，「能拿走的人偶的，只有海部老師。」
柯南認為最要緊的是先找到元太、步美和文乃，光彥贊成，「等千鈞哥哥趕回來後，再抓度假屋風暴好了。」二人離開木屋，來到外面，冒著濃霧向最近另一個度假屋走去。幸好，那邊的房間有亮光，不會迷路。二人來到外面從窗戶向里觀察，果然發現了孩子們都被捆住了手，元太似乎還在抗議，海部正在訓斥。海部察覺有動靜，看過來。二人急忙逃跑躲起來。海部將窗簾拉上了。光彥認為自己的推理完全正確，柯南卻總覺得有什麼地方不對勁。
等了好大一會後，二人再次接近木屋，透過窗簾縫隙向里觀望，所有人都不見了。二人冒險進入木屋，果然沒人。柯南抓起桌上的電話，依然不能用。柯南獨自去二樓查找，讓光彥留在原地待命。柯南來到樓上，沒有發現什麼，突然停電了，一片漆黑。光彥在樓下大叫，柯南發現了消失的人偶。樓下的光彥，听到了柯南的驚叫聲，「快逃，光彥！」光彥大駭，模黑向外逃跑，現在只剩下他一個人了，「我必須逃出去，找到怪哥哥和高木警官他們，只有這樣才能救出大家。」而此時，千鈞在全速向回趕，因為他發現柯南等人這邊木屋的電話全部打不通了。高木和文良也發現了這個問題，知道不對勁，驅車快行。
來到外面，光彥沿著山路亡命奔逃，一邊逃跑，一邊大喊救命。後面人的腳步聲急促傳來，光彥驚慌失措，滾了出去。海部追上了光彥，光彥嚇得魂不附體，大喊大叫。海部緊逼過來，光彥畢竟參與過多起大案，危急時刻，膽氣反而上來了，奮不顧身地全力撞向海部。海部沒有防備，被光彥撞得倒退，而後面就是山谷。海部跌了下去，光彥大喜，「成功了！」原來，光彥在危急時注意到了附近的地形，才會冒險那麼做的。
光彥坐在地上大口喘氣，柯南和元太等人都跑了出來，「糟糕了！」「危險啊！」「不好了，不好了！」孩子們齊心合力，將海部拉了上來。海部非常狼狽，向大家道謝。光彥糊涂了，「你們這是……」原來，海部老師要給大家做特訓，讓眾人一個個來不遠處的度假屋。光彥這個氣，「怎麼可以這樣？我完全不知道啊！」海部笑道，「對不起啊，忘記告訴你們少年偵探團了。」光彥問起房間里面的工具，海部回答，「那是用來做一些簡單道具的，希望大家利用道具能更快地進入角色。」
光彥不滿，「那張地圖呢？」海部笑道，「擔心迷路才準備的，因為這附近霧很大。」光彥無語了，而拿走的人偶也是因為特訓的緣故。元太嘲笑，「光彥，你怕的要死吧！」步美好笑，「元太自己還不是怕得要命。」而看到大家被綁，只不過是演得戲而已。樓上發現真相的柯南，也參了一腳。當時，元太提議，嚇嚇神氣的光彥，步美和文乃立即附和。柯南吐槽，「你們這還算是好朋友嗎？」听完真相後，光彥大受打擊。孩子們笑成一片，光彥氣憤地跑走了。
柯南忽然問，「海部老師，你為什麼連電話線也切斷了呢？」海部納悶，「你說什麼啊？我沒有啊！」步美問道，「不是老師嗎？」文乃也道，「怎麼回事？」元太道，「不是老師的話，會是誰呢？」柯南覺得有些不好，隨後，遠處傳來的光彥的驚叫聲。真正的度假屋風暴，搶劫完成後，正要離開，好巧不巧地撞上了光彥。度假屋風暴就擒住了光彥，光彥拼命地大喊救命。海部帶著大家急忙跑過來，度假屋風暴惱怒萬分，拔出了手槍，「臭小子，想死啊！」文乃道，「這麼說，切斷電話線，拿走手電筒的人……」柯南肯定，「沒錯，就是他。真正的度假屋風暴干的！」
度假屋風暴露出猙獰的面容，「本來不想殺掉你們這麼多人，但誰讓你們倒霉呢！幸好我的子彈還足夠多。」光彥知道不好，「大家別管我，快跑！他有槍！」柯南起腳踢飛了不遠處的樹樁，但度假屋風暴眼疾手快，直接用光彥做盾牌，擋住了樹樁。光彥悲慘地成了肉盾，發出哀鳴。柯南大叫不好，「糟了，誤中副車！」度假屋風暴惱怒萬分，正要開槍射擊。槍聲卻先響了，度假屋風暴的帽子被擊落在地。千鈞駕駛機車沖了過來，將驚慌的歹徒撞倒在地。千鈞一個急停，扔下機車，踢飛了歹徒的手槍。柯南立即將槍搶過來，松了口氣。
度假屋風暴剛剛爬起來，就再次被千鈞擊倒。孩子們發出歡呼，緊接著，高木和文良駕駛警車也到了，二人跑過來，擒住了半死不活的歹徒。高木警官大喜，「想不到事情這麼順利，抓住度假屋風暴了！」文良道，「還好沒出大事。」柯南道，「好險，真是千鈞一發啊！」千鈞笑道，「是啊，幸好我及時趕回來了，否則……」柯南問起原因，千鈞道，「他切斷電話線，我們打不過去，再笨也知道這里出事了。」柯南笑道，「原來如此。」步美忽然讓柯南閉上眼楮，柯南不情願，但只好照做。
千鈞查看，確認光彥傷得不重，柯南踢飛的木樁終究殺傷力有限。步美則向光彥道歉，「你實在太棒了！」然後親吻了光彥的臉蛋，光彥喜上眉梢，「哇，我好幸福啊！」元太也喜歡步美，大為惱怒，一把揪住光彥，「混蛋，你這家伙，絕對不可原諒！」柯南睜開眼楮，有些莫名其妙。文乃道，「柯南，你也很棒的。」說著直接親吻了柯南的臉蛋，柯南當場當機。步美不高興，「文乃，你不可以這樣！」文乃道，「為什麼啊？剛才是你先親光彥的……」步美和文乃吵成一團，元太追打光彥。高木警官干笑，「這幾個孩子，太早熟了吧！」文良好笑，「誰說不是呢？」
三天後，市內舉辦了兒童會。孩子們的人偶劇也上演了，家長們，包括毛利父女都去觀看了，演出中也鬧出了不少笑話，漏洞百出。大人們都付之一笑，覺得很有趣。演出成功後，進行了合影。而就在這天，山本一夫接到了龍魂使者的暗號聯絡，在霧丘高原的密林峽谷找到了巴厘虎和爪哇虎的死後留下的少量痕跡，而二人的尸體卻不翼而飛了。暴龍和劍齒虎快了秘密調查局一天，他們發現不對後，經過排查，搶先找到並運走了二人的尸體，並進一步銷毀了一切痕跡，讓秘密調查局撲空。
尾聲，度假屋風暴因多次搶劫殺人，被法庭判處了死刑。高木警官擒獲凶犯，受到警視廳內部嘉獎，讓因病未能成行的千葉警官羨慕不已。千鈞和文良也因為這次協助行動，得到了一個c級獎勵。光彥則對柯南用木樁擊中自己，耿耿于懷了好一陣子。