目暮警官和高木警官等帶隊趕到了，橫山刑事在外面維持秩序。初步調查後，高木報告，「死者是繩文大學物理學副教授，金田圭三，今年29歲。心髒被利刃所刺，當場死亡。死亡時間的推定大概是19點50分左右。所有的店員都有不在場證明。然後，他們兩位是被害者同一所大學的岩間教授和新井講師。」岩間道，「因為今天金田升為副教授，所以我們來這里慶祝。本來是很高興的日子，現在卻發生了這樣的事情……」目暮譏諷，「然後是每次都會出現的……」毛利立即接道，「正是鄙人，偵探毛利小五郎。警部大人！」
目暮月復誹，「這家伙所到之處都是人命案啊！」千鈞道，「目暮警官，我們今天湊巧在這里吃料理。」目暮點頭，「說起來，因為毛利的原因，你們這些人也經常在案發現場露面啊！」小蘭尷尬，「對不起啊，目暮警官，總給你們添麻煩。」高木道，「哪里話，這本來就是我們警察的工作。」目暮轉而問道，「第一目擊者是你吧，安西小姐？」安西京子點頭，「因為客人進去後，沒有點菜。所以我進去看看，結果就是這樣了。」
毛利問道，「為什麼金田會在8號房間呢？他不是說過不是自己預約的嗎？」安西道，「我也是因為這樣，當他過去時，就問了他。結果他說約了人在這里見面。」毛利道，「就是說他約了人在這里見面，然後在那里被殺了。」千鈞道，「看來，那個來跟金田見面的人，嫌疑最大。」目暮問道，「除了金田以外，有沒有看到其他人進去過？」京子搖頭，「沒有，一個也沒有。」目暮確認，「沒有記錯嗎？」安西道，「沒有。我一直在櫃台那里看著庭院這邊。入口只有玄關那里，沒有過橋是無法進入房間的。」
目暮納悶，「那犯人是如何進入8號房間的呢？」毛利立即道，「警部，一定是從水路進來的。」千鈞解釋，「這里的水路圍繞著房間，從理論上講，可以沿著水路繞行到最後的8號房間。」這個庭院總共只有8個房間，從進門的右手邊開始數，東邊依次是1號房間（千鈞4人）、2號房間（毛利三人）、3號房間（繩文大學3人），橫過北邊是四五六號房間，轉到西邊是7號和8號，8號房間在最後。千鈞在紙上畫完示意圖，目暮看明白了，「就是說是這里面的人做的。」
毛利點頭，「這種可能性最大，案發後，我立即讓小蘭她們4個守住了所有出口，沒有人在那時離去。」目暮吩咐高木，「去問問大家，是否看到有人在水中行走。」高木應諾離去。4號房間是三男三女，都很年輕，為首的男子道，「我們一直都有看著水路，根本沒人經過。」5號房間是兩對情侶，他們都說沒有看到。6號房間是5個中年人，好像是同學聚會，有的說沒注意，有的說沒看到，有的說沒人從水路走過。最大的7號房間，似乎是一個公司的同事，也都很年輕，4男3女，為首的男子道，「如果有人經過的話，一定會發現的。」另一個男子道，「經過的只有那些船只。」
听完高木的匯報，目暮跳腳，「什麼？沒人看到過？」高木道，「是的，每個房間都有多個人，他們都說只看到有船通過。」目暮問道，「千鈞，你們幾個看到沒有？」千鈞道，「沒有。」靜楊等人也都說沒太注意，但應該沒有。小蘭也說沒看到有人在水上過去。毛利道，「該不會是潛水吧？」高木道，「不可能，我去看過了，水深只有50公分，根本沒辦法潛水。」柯南道，「而且如果潛水的話，8號房早就全部濕掉了。」毛利見柯南拆台，怒火中燒，「你說什麼？」柯南肝顫，「沒有，我在自言自語。」
目暮道，「不管怎麼說，既然沒有外面人進來，那一定是里面的人做的。現在需要他們的不在場證明。」目暮轉而問道，「岩間教授，7點50分你在哪里？」岩間道，「我一直在3號房間。」毛利道，「那時候我听到岩間先生在房間里大叫。」岩間點頭，「是的。我在找隱形眼鏡的時候，不小心打翻了盤子。」毛利笑道，「之後我還听到你關上了3號的窗戶，所以你有不在場證明。」千鈞也道，「命案發現時，岩間的確是從3號房間出來的。」岩間松了口氣。目暮問，「新井先生，你好像是案發之後回到這里的。」
新井掏出一盒煙，「金田出去後，教授要我幫他買煙，所以我跑到便利商店買煙了。」安西道，「是我告訴他去那里買的。因為客人要的煙，我們這里沒有。」新井取出錢包翻找，「走路大概是10分鐘，我有收據！」目暮接過來，收據上面寫的是19點52分。毛利道，「這樣看來，兩個人都是無辜的。犯人應該是其他客人。」兩個大學老師松了口氣。柯南卻懷疑，「不，4人以上的客人，要瞞過同房間的人和安西小姐的視線，根本辦不到。」千鈞明白了，「也就是說落單的這兩個人犯罪幾率最高。」
目暮吩咐高木去詢問其他客人的不在場證明，高木領命而去。柯南拉扯京子的衣服，「姐姐，我想看看這里的船。」小蘭勸阻，「柯南，不要胡鬧。」千鈞道，「小孩子好奇嘛，讓他看看吧，京子小姐。」京子笑著同意了，「沒關系的，反正現在也沒事。」船只停在單獨的房間外，要經過廚師們的房間門口，而且是上鎖的。柯南問道，「這個房間每次都會上鎖嗎？」京子點頭，「是的，為了防止別人進入。有鑰匙的只有我一個。」進入房間後，柯南發現一共有5條船，停泊在水面上，只有一艘是大船。
柯南在大船上發現了黑色的污跡，有同樣的氣味，這與金田拇指上的污跡是一樣的。柯南思索，「但是料理到達3號房間時，金田應該不在里面了。」柯南問道，「剛才裝載威士忌的也是這艘船嗎？」京子笑著說是，「預約的時候，說點的菜全部要用大船，7點半把料理送過去，然後8點送上威士忌。」柯南翻開船板，下面有個小型的馬達和遙控裝置，里面的空間不小，完全能藏人。問題是在不在場證明，柯南道謝後，跑了出去。來到庭院，千鈞從房頂上跳下來，柯南問道，「怎麼樣？」千鈞道，「應該不是從屋頂過去的。我已經檢查過了，完全沒有痕跡。」
隨後，千鈞和柯南進入3號房間觀察，發現只有一雙筷子沒有紙套，而沾醬似乎從碗里邊沿灑出來一些。柯南笑道，「所以他才會那麼做。」千鈞也猜到了，「他在上演獨角戲給你們听啊！」果然，在窗戶上找到了水跡，還有一個小洞。柯南道，「他的不在場證明不成立了，而且還有一個無法抹滅的證據。」
稍後，千鈞去叫毛利小五郎。小五郎不喜，「嗦，直接說吧！」千鈞道，「柯南找到一個很奇怪的東西。」毛利就一起過去看看，結果就是被柯南射出麻醉針倒下。高木在向目暮匯報，「7號房間的客人，也都有不在場證明。」岩間不高興，「我們還要在這里多久呢？」目暮道，「也對，你們可以回去了。」毛利的聲音傳來，「不行啊，警部。他們要回去還太早了。」大家聞聲望去，發現毛利坐在庭院的花壇上，正是沉睡狀態。毛利道，「我剛剛明白犯人是如何到達8號房間了。」
目暮大喜，「真的嗎？他是怎麼過去的？」毛利道，「犯人的確是走的水路。」目暮不喜，「喂喂……」高木道，「毛利先生，目擊證言說除了船之外沒有看到其他人走過。」毛利道，「對，犯人就是利用船過去的。如果是利用大船，里面有足夠的空間讓一個很矮小的人躲進去。」毛利推理，首先犯人做了將點的菜都用大船送來的指示，等料理送來時，將船上的夾板拿掉，自己躲在里面。船回自動回到船屋，犯人在途中用腳把遙控關閉。船的馬達停止，就停在8號房間前。
毛利道，「我想金田看到犯人從船上出現，通過窗戶進來，一定很驚訝。不過卻沒有警戒，因為他沒有想過自己認識的人，會這樣坐船過來殺他。然後犯人趁機突然出刀，將其殺死，金田就直接倒在了桌子上面。然後犯人為了不讓人懷疑自己是從水路來的，將金田的尸體轉向門口那邊。」目暮道，「原來如此。但是犯人怎麼回到房間去的呢？」毛利道，「很簡單，再次回到船上，把開關打開，船會自動向前，回到船屋里面。然後這樣等著就行了。隨著在8點送出的東西，犯人就這樣回到了自己的房間。」
毛利道，「但對犯人來說，最可惜的是，被我發現一件事情。」目暮問道，「發現什麼？」毛利道，「船吃水的深度。船上只裝有威士忌，但是船身好像很重的樣子。這就證明犯人正躲在船夾板下面。」目暮叫停，「等一下，一個人在房間，最可疑的人是……」毛利肯定，「沒錯，犯人就是岩間教授。只有你做得到！」大家都看向岩間，岩間臉色大變。毛利道，「我想你大概告訴金田，說有事情要和他秘密商量，所以預定了8號房間。然後趁料理來到的時候，你叫新井先生去買香煙，而且還是故意找櫃台沒有的牌子，讓他到便利店去買。」
岩間走過來，「等等，毛利先生。犯案的時候，你說過我正在3號房間里面。有人證的我，怎麼殺害金田呢？」千鈞笑道，「捕風捉影，當時柯南、小蘭、大叔三人只听到了聲音，並未看見你的人。」小蘭點頭，「的確如此。」千鈞道，「在法律上，只听到聲音不能當做證明的，只能作為佐證。」毛利道，「岩間教授，你身上應該帶著錄音機吧？」岩間臉色一變，「那又怎樣？為了會議使用方便，我會隨身攜帶一個小型的錄音機。如果我利用那個假扮聲音的話，那窗戶是怎麼關上的呢？」
毛利道，「橡皮筋、大頭針、放筷子的紙套，再加上冰塊。」岩間頭上開始冒汗，毛利簡單進行了解釋，先走窗檻上面用大頭針固定橡皮筋，然後在另一邊用紙套卷起來，一角用大頭針固定，然後將釘上橡皮筋的窗戶往紙套那邊拉。然後在紙套上面再釘一個大頭針，接著將料理用的冰塊，放到卷曲的紙套里面就完成了。冰塊融化，濕掉的紙套會裂開，窗戶就在橡皮筋的拉力下自動關閉了。目暮連連點頭，「納利霍德（原來如此）！」
毛利道，「岩間回到房間後，將橡皮筋和大頭針收起來，然後將錄音帶清除。紙套丟入水路里面。這樣就不會留下證據了。」岩間大叫，「正是這樣，你沒有證據。你說我殺了金田，拿出證據來啊，證據！」毛利問道，「新井先生，料理抵達的時候，你是不是將河豚的醬汁給弄翻了？」新井點頭，「是啊，我不小心把它給打翻了，灑出來一些在船的夾板上。」岩間大驚，毛利道，「岩間教授，你听到安西小姐的叫聲從房間出來的時候，一邊穿著外套一邊走出來的。突然跑出來的人，會特意穿上外套嗎？」
千鈞等人也都想起來，「的確很奇怪。」毛利道，「那是因為他在船上的時候，讓白子的醬汁弄髒了衣服。」千鈞道，「岩間教授，請你月兌下外套看看吧！」岩間只好照做，還在辯解，「的確，我的衣服沾上了醬汁，不過這是我在找隱形眼鏡的時候，不小心弄翻醬汁沾上的。」岩間的衣服手臂上果然有醬汁，毛利道，「是這樣嗎？料理到達前離開3號房間的金田，他的大拇指上也沾有醬汁。」岩間驚叫出聲，「啊？」毛利冷笑，「那是什麼時候沾上的呢？」
岩間目瞪口呆，「馬薩卡（難道是）……」毛利道，「對，當金田被你刺中的時候所沾到的。他的拇指按住了你手臂上的污跡。所以你的衣服上面留有金田先生的指紋！」千鈞笑道，「這次可是鐵證如山了，岩間教授！」岩間跌跪在地，沮喪道，「我以前曾經拿學生的論文來發表，金田知道了，就利用這一點作為威脅，要我推薦他，不然就要去協會告發我。最近，更是變本加厲，要我給他5千萬。我已經忍受不了了……那個河豚的白子，是我沒有預料到的，如果沒有點那道菜的話，這次的殺人計劃可以說是完美的。」
就這樣，高木警官押走了岩間。流水亭的飯局也就到這里結束了。幾天後，千鈞來毛利偵探事務所找柯南，小蘭提起來，「流水亭啊，自從那次後，爸爸又開始出名了！」千鈞道，「流水亭的生意更火了，安西京子小姐告訴我，他們現在用毛利叔叔的名偵探名聲，招攬了不少顧客。毛利叔叔坐的那個庭院花壇之處，被稱為沉睡花壇。好多人都跑去吃飯，參觀拍照留念。」小蘭笑道，「是呢，還給了爸爸一大筆名譽宣傳費呢！」
小蘭討好，「爸爸，現在有錢了，再帶我們去別的地方玩吧！」毛利露出樣子，「如果有藝伎的話……」小蘭一拳打到台桌上，台桌粉碎。毛利、柯南全都肝顫，千鈞也冒汗，「這張台桌看來又要換了！」小蘭的眼神充滿了殺氣，「需要藝伎的話，不如我來做好了！」毛利大恐，拼命搖頭，「不不……不用了！」柯南發抖，「好可怕啊！」小蘭哼了一聲，「千鈞，這張桌子壞了，去你家里找張淘汰下來不用的舊桌子，換一下吧！反正你家里總有這些東西……」千鈞無語，只好答應，「真是躺著也中槍啊！」
尾聲，岩間信夫因剽竊論文被威脅而殺死金田圭三，被法庭判處6年徒刑。毛利小五郎破獲流水亭流水殺人事件，警視廳給以b級獎勵。學術界抄襲論文的事件，遭到了協會和大眾的一致譴責。毛利小五郎在事件過後，名聲大振。毛利偵探本人也成為流水亭最尊貴的客人，在那里吃飯，被特許打五折。沉睡花壇、流水回廊、名偵探的故事，成為流水亭的招牌。台桌事件後，千鈞從家里的舊倉庫中，隨便找了一張不用舊桌子，送到了毛利的事務所，總算讓毛利有了辦公桌。柯南道，「希望這張桌子能撐到今年年底吧！」