見文乃和步美都有些困了，千鈞提議先送她們兩個女孩回去，但二人都堅決拒絕了，揉著眼楮強打起精神來。新聞里，津久茂和美在播報沿海開發引起的瀆職案件，東京地檢署特搜部，目前已經查出政治家丸谷先生和大久保先生與多起受賄案有非常大的聯系。光彥突然大叫，「我知道那些訊息的意思了。」大家都很吃驚，光彥認為，這些數字表示的接受賄賂政客的名字，0代表丸，00代表大，96代表黑，總之就是說丸很黑。
光彥叫道，「亞紀姐姐要傳達的是，指出接受賄賂的是這個丸谷先生。」步美問道，「那2003和5656呢？」光彥很是自得，「那當然就是他在銀行里接受賄賂的賬號。」千鈞搖頭，「胡說八道，哪有這樣的賬號，銀行的賬號都很長的。」光彥一愣，「也許是其中的幾位。」元太支持光彥，認為亞紀一定是關在丸谷家里，「我們趕快去救她吧。」光彥說，「那個丸谷就住在西帝丹鎮里，我們只要坐地鐵過去到下一站就好了。」
文乃道，「我們可以坐千鈞哥哥的車過去。」柯南思索道，「不，我們先過去看看。讓千鈞哥哥先去警視廳那邊打探一下消息，再去亞紀姐姐家里看看是否有接到勒索電話。」大家都覺得有道理，千鈞叮囑，「你們到丸谷家不要胡亂行動，等我過去跟你們會合。」孩子們都說好，步美拉住柯南就走。外面還在打雷，元太開玩笑說，「今天很容易被雷擊。」還好地鐵站就在旁邊，偵探團直接去了下面。
千鈞打電話給高木警官，據高木講，今天沒有接到綁架勒索的報警。掛斷電話後，千鈞直接去淺野亞紀家，但亞紀家里沒有人，她是獨自在東京居住的，親人都不在這里。千鈞只好開車往西帝丹鎮。
警視廳，高木有些納悶，不知道千鈞為何問這些問題。旁邊要離開的佐藤警官隨口問起來，高木就告知了佐藤。佐藤覺得事有蹊蹺，「千鈞那家伙不是個無的放矢的人，你再打電話問問。」高木雖然不情願還是撥打了電話，千鈞只好告訴他，「我懷疑淺野亞紀被人綁架了，但沒有任何證據……嗯，等我找到線索後，再跟你們警視廳聯絡。」
高木想當然認為千鈞是多慮了，佐藤多少有些疑慮，非要去日賣電視台一趟，「至少那些恐嚇信的事情是真的，我們警方應該查一查為好。」高木只好苦著臉陪同，二人出去的時候，自然沒有報告給目暮警官，佐藤是想等事情有眉目後再報告。高木叫苦，這樣先斬後奏，不論事情如何，目暮警官肯定會責罵他，而不會責怪佐藤。但是高木性子軟弱，被佐藤拉扯，直到上了警車才想通這個問題，有了功勞必定是佐藤的，有了過錯肯定是高木自己的。
丸谷宅，元太爬上了宅院高牆邊上的路燈桿子，招呼柯南過來，柯南頭上冒汗。元太道，「你們看著別讓人靠近。」順著路燈柱子，元太上了圍牆，柯南阻止不及，「這群家伙又開始亂來了。」元太招呼光彥上來，但是附近的門衛听到了動靜，出來呵斥，還跑出一群狼狗向著眾人狂吠。偵探團嚇得魂飛膽喪，亡命而逃，可憐的元太被困在路燈桿子上不敢下來，那群狗圍著桿子狂嘯，大有吃掉元太的架勢。可憐的元太，嚇得大哭起來，繼而大罵柯南和光彥等人沒義氣。
門衛訓斥元太一番後，以為是小孩子胡鬧，就將其趕走了，才讓元太逃過一劫。蛋糕店，元太與偵探團會合，元太火大，「你們竟然丟下我自己跑了。」光彥道，「要再去的話，必須想辦法對付那群狗和那個警衛才行。」元太想起來就生氣，一把揪住光彥，「剛剛明明就是你第一個跑掉的，你還敢說！」步美和文乃急忙勸解，「元太，你別這樣……」千鈞趕到後，問明原委，才將元太拉開。千鈞笑道，「你們這群家伙，竟然丟下偵探團的團長逃跑，還真夠嗆。這要是在軍隊中，都要被執行軍法的。」元太也大聲嚷嚷，「你們看，是這樣的吧？」其他人幾人只好向元太道歉。
接下來的工作就是專業級別的了，千鈞親自去了丸谷宅，他先用暗系力量的影子制止了那幾條狼犬，再用太陽激波破壞了所有的監控系統，然後輕松潛入丸谷宅。但是千鈞將丸谷宅查了一遍，也沒找到淺野亞紀。千鈞擔心丸谷的人將亞紀藏了起來，就來了招打草驚蛇，切斷了丸谷宅的電源，又故意制造混亂。這下，丸谷宅亂成一團，但是丸谷等人並沒有去查看什麼重要的地方。千鈞這才確定，淺野亞紀真的不在這里，而且綁架的事情多半跟丸谷無關。
蛋糕店，柯南的呼機響了，這次不是數字留言，而是小蘭打來的。柯南只好去打電話，孩子們吃著點心，外面又下去雨來。柯南打通電話，小蘭在那邊大發雷霆，劈頭蓋臉一頓責罵，「這麼晚了你還在什麼地方啊？傍晚的時候我呼你，你都沒回電話！你是不是皮又癢了？」柯南頭上冒汗，「對不起，我馬上就回去。」小蘭怒吼，「現在快給我回來！」滾滾的雷聲傳來，小蘭疑惑，「你那邊在打雷嗎？」柯南嗯了一聲，「好大的雷聲，雨也下得很大。」小蘭卻說這邊天氣很好，「月亮好漂亮啊！」
柯南有些納悶，「我們這邊在下大雨呢，所以我暫時回不去了。」小蘭惱怒，「柯南，你現在到底在哪里？要不要我拿雨傘過去接你？」柯南看到呼機上倒立的2003變成moon，有些明白了。小蘭責問，「柯南，你在做什麼？有沒有听啊？喂，喂……」柯南听到了廣播，正在播報日本的天氣，「關東東部明天天氣晴朗，不過北部則是陰雨天。南部應該也是晴天……」柯南忽然一下子全都明白了，掛斷了電話，小蘭氣惱不已。千鈞也回來了，告知偵探團調查的結果，「亞紀小姐絕對不在丸谷家。」柯南大喊道，「我們快點回電視台去。」孩子們莫名其妙，但還是听從了柯南的意見，在一片責問聲中，大家上了千鈞的車，直奔日賣電視台。
車上，柯南笑道，「2003如果立起來看，是什麼意思呢？」光彥立起來呼機，「是moon。」元太大叫，「原來如此，好厲害。但moon是什麼意思？」千鈞笑道，「那是英文，月亮的意思。」柯南道，「你們想想看，亞紀姐姐在開始的時候，給我們發2003的訊息，目的就是讓我們抬頭看月亮的意思。那時是晚上7點30分，月亮應該在天空的東南方才對。但是丸谷家的東南方，蓋了一棟大廈是看不到月亮的。」光彥明白了，「這就是說亞紀姐姐不會在那個丸谷家，所以千鈞哥哥怎麼找也找找不到她，對吧？」
柯南點頭，「千鈞哥哥的調查剛好證實了我的推理。亞紀姐姐現在是被關在一個能看見月亮的地方。」千鈞皺眉，「可是能看見月亮的地方太多了，光靠這一點我們根本不知道在哪里啊？」柯南也承認這點，「所以說亞紀姐姐才會用數字來表示當時的天氣，把她所在地點的每個時間段的天氣變化顯示給我們看。」柯南推理，0就是○表示晴天，00就是◎表示陰天，096表示●表示雨。
步美問道，「那8點31分傳來的5656呢？」柯南笑道，「打雷是什麼聲音？」孩子們道，「轟隆轟隆……」文乃也明白了，「所以5656就表示打雷的聲音。」柯南笑道，「沒錯。在晚上8點半只要是下雨或者打雷的地方，就是亞紀姐姐被關著的地方了。」千鈞疑惑道，「干嘛這麼麻煩，她為什麼不直接將她的手機號發過來呢？」柯南道，「她的處境一定很危險。如果她將自己的手機號發來，我們貿然打過去的話，說不定會讓歹徒發現的。」
回到日賣電視台，剛好遇上正準備離開的高木和佐藤，他們調查了恐嚇信事件，但沒有發現什麼有用的線索。听完柯南的推理，佐藤來了興致，讓小林先生馬上找出8點半左右有雷雨的地方。高木吃驚，「這個柯南，真的只有7歲嗎？」千鈞也佩服，「也就是這家伙，換了別人絕不會破解出這些古怪的暗號。」氣象員查看了記錄，「就是以我們日賣電視台為中心半徑大概1公里左右直徑2公里的範圍，那是一場陣雨。」
佐藤也認為亞紀很可能就在日賣電視台附近，可是高木還是懷疑，「那個亞紀小姐真的被綁架了嗎？說不定她在附近閑逛。」柯南的呼機又響了，這次的數字是0109。大家猜測起來，光彥認為01代表晴天，文乃反對，「可是現在這一帶天上都是烏雲。」柯南也覺得有別的意思，元太忽然大叫起來，「0109一定是大碗的鰻魚便當才對，亞紀姐姐現在一定是餓了。」大家頭上冒汗，光彥嘲諷，「我看是你又餓了吧！」
元太的肚子響起來，果然是餓了，之前因為擔心亞紀的安全，在餐廳大家都沒有吃好。元太垂頭喪氣，「我現在好餓啊！」高木笑道，「那我請你們吃飯吧，佐藤警官，你也一起來吧。」佐藤皺眉，「還是趕快找到那位亞紀小姐才是正經。」柯南猛然想到一件事，捧月復大笑起來。元太火大，「你笑什麼？我餓了有那麼好笑嗎？」柯南笑著說不是這樣，「不是在笑你了。」千鈞問道，「你是不是想到暗號的意思了？」柯南點頭，「元太，太棒了，這次多虧有你，我才知道亞紀姐姐在哪里。」眾人無不大喜。
大型道具房，被捆住的亞紀用手指按動手機，準備再次發出暗號，但是有個人走了進來。電視台，千鈞詢問大型道具倉庫的位置，「我和這兩位警官要過去調查一下。」工作人員告訴大家，那個倉庫就在一樓最北邊的角落里面，「可是那里有什麼好調查的呢？」千鈞立即沖了出去，告知了門口的偵探團眾人。高木和佐藤也急忙追上來，「千鈞，你別亂來啊！」「交給我們警方處理啦！」所謂的0109，要分成0,10,9來看，是日語諧音，大型道具。
大家向北邊那里奔跑，柯南道，「電視台的出口本來就不多，可是房間很多。如果歹徒也是內部人員的話，就只有用這個辦法了。」佐藤問道，「那你已經知道歹徒是什麼人了嗎？」柯南笑著點頭，「亞紀姐姐已經用呼機告訴我了。」高木叫苦，「糟了，這次出來太匆忙，我們都沒帶佩槍。」千鈞笑道，「有我在，根本用不著。」
這時，歹徒將亞紀弄暈了過去。千鈞打開了道具房，強光射進來，柯南大喝，「你沒戲唱了！」說著話，千鈞就沖了進去，將驚慌失措的歹徒快速扭住，按倒在地，「你逃不掉的。」佐藤走過來，用手銬將其銬住，高木將歹徒看押，掀開歹徒的頭罩，歹徒赫然是津久茂和美。千鈞急忙扶起地上的淺野亞紀，將綁繩和嘴上的膠帶撕開。
高木對和美道，「我們都已經知道了。」佐藤也道，「有事情跟我們回警局再說吧。」柯南走過來，「你先用電話將亞紀姐姐叫出去，用事先準備好的藥物讓她睡著，然後把她關在最里面的房間。讓大家以為亞紀姐姐是因為害怕那封恐嚇信，才放下工作匆匆逃走的。你就是利用了亞紀姐姐對你的信任，想要把她從新聞城市這個節目里趕出去。但是亞紀姐姐從窗口看到了外面的天氣變化，利用手機將天空的變化，一個個傳到我的呼機上讓我們知道。因為她知道千鈞哥哥也是個不錯的偵探，說不定能解開暗號。」
柯南拿出呼機，「但是亞紀姐姐傳給我的這些訊息里面，有一個我們一直沒有解開的就是9109，這個號碼是在我們收到110報警的訊息後收到的，千鈞哥哥誤以為是指的是亞紀姐姐家里電話的區號。可是這個不是指示亞紀姐姐所在位置的訊息，就可能是歹徒的名字了。」元太大叫，「你想從我們少年偵探團手里逃走，再等一百年吧！」千鈞扶著亞紀站起來，高木問柯南，「你為什麼知道歹徒是津久茂小姐呢？這跟9109有什麼關系？」
柯南笑著解釋，「可以分解成9,10,9，如果一個個換成漢字來念，就是九十九，與文乃的姓氏相同。在日本姓氏里面，九十九與津久茂相似，甚至很多人將其混用。」千鈞也明白了，「文乃的父親九十九元康，也經常被人說成是津久茂先生。」佐藤也笑了，「所以你這個小鬼就猜到歹徒是津久茂小姐了。可是津久茂小姐，你為什麼要綁架亞紀呢？」和美奮力掙扎，「我實在太恨亞紀了。其實我才是城市新聞的元老，這個節目最先是由我播報的。可是，她們認為亞紀比我年輕貌美，馬上就把我換下來了。簡直是豈有此理！沒有道理的！」
柯南道，「既然如此，你就靠實在再搶回來啊！」千鈞嘆道，「自古美人如名將，不許人間見白頭。任憑你風流俏麗美貌無雙，也會被雨打風吹去。你見哪個電視台的主持人是不待見的歐巴桑？其實，做你們這行的人，心里恐怕都清楚吧。」亞紀也有些黯然，「嗯，我們的行當競爭激烈，就算是我，過了30歲，恐怕也不會再主持新聞都市或者天氣預報的節目。其實，我早就有心理準備了。津久茂小姐恐怕是一時難以接受。」柯南正容道，「只要是犯罪，不管你有什麼理由，都沒有辦法讓它名正言順。」千鈞嘆氣，柯南正義之心泛濫又開始說教了。
高木和佐藤將一臉沮喪的津久茂和美帶回了警局，順便請偵探團、千鈞、淺野亞紀去警視廳做筆錄。目暮警官知道事情的始末後，對佐藤警官的機敏和警覺大為贊賞。高木就比較慘了，目暮大吼，「高木，發生了這麼嚴重的綁架案，你為什麼一不請示二不匯報，就擅自跟佐藤去出警了？……如果出了意外你能擔當的起嗎？……還是說你眼里沒有我這個上司？」高木不停地哈依道歉，卻也不敢辯解說自己根本沒打算出警而是被佐藤硬拉出去的言辭，如果那麼說目暮肯定會更加惱火。佐藤卻在旁邊忙著給亞紀和千鈞做筆錄，當然，給孩子們做筆錄的工作是要由高木來完成的。
第二天，亞紀作完天氣預報工作，笑著向偵探團這邊走過來，「昨天的事情，謝謝你們了。」偵探團還是得意，千鈞在旁邊隨口謙虛。亞紀笑道，「你能看出我發的訊息是表示天氣的訊號，不愧是平成年代的華森啊！」孩子們都生氣了，「才不是呢！」「是我們少年偵探團破解的暗號。」亞紀嗯了一聲，嬌笑道，「是嗎？不愧是少年偵探團啊！看來得到了毛利偵探的真傳。」孩子們自然得意洋洋，千鈞問道，「亞紀小姐，你也很厲害啊，你怎麼猜到蒙面的歹徒是津久茂小姐？」
原來亞紀被歹徒用布蒙住鼻子時，看到了歹徒的指甲。千鈞立即明白了，「是和美的獨特指甲。」柯南也道，「是指甲藝術。」亞紀笑道，「沒錯，因為她在自己的指甲上做了藝術指甲，跟天象圖有點相像，我才記住的。」之後亞紀邀請大家去吃大餐，孩子們歡呼雀躍，千鈞也不反對，淺野亞紀可是個氣質優雅的美女。步美忽然道，「這麼說元太就代表霧了。」元太納悶，「怎麼會？」
原來步美認為三角腦袋的元太代表的是外圓內三角的霧。光彥明白了，「原來如此，還真有點像。」柯南卻說，「喂，元太，你代表的不止是霧呢。還代表了外圓內黑三角的冰雹。」大家一起大笑起來，元太火大，「可惡，柯南，光彥，我要揍扁你們兩個！」孩子們一起跑，元太在後面追。千鈞陪著亞紀跟上去，「這群孩子還真有趣啊！」亞紀露出笑容，「嗯，這次還多虧這幫孩子，也要多謝你哦。」千鈞嘴里謙虛著，亞紀終于將自己的手機號碼告訴了千鈞，「我們已經是好朋友了，不是嗎？」千鈞大喜，「當然。」
尾聲，津久茂和美因嫉妒綁架淺野亞紀，被法庭判處1年徒刑，自此退出了主持人行當。淺野亞紀因這次的綁架事件，反而人氣暴漲，受到了廣泛好評。少年偵探團因破獲該起天氣預報小姐綁架事件，警視廳給以c級獎勵。雖然目暮批評的厲害，但還是給了佐藤和高木一次正式的嘉獎，這才讓高木松了口氣。淺野亞紀在這件事後，與千水千鈞也成了好朋友。