某日，千鈞再次接到小五郎邀請，說好大家一起去星光飯店吃飯。二人約定，毛利負責飯菜錢，千鈞負責大叔的酒錢。靜楊她們沒有興趣湊這種熱鬧，各自回家去了。星光飯店的啤酒屋，有很多人在開懷暢飲，大叔理所當然要了啤酒，大喝起來，「果然好喝啊，夏天還是要喝生啤酒！」小蘭批評，「爸爸，像你這樣光喝酒怎麼行啊？至少要吃點東西啊！」
小五郎打著哈哈說我知道了，柯南很是郁悶，「真是的，叔叔說要到飯店吃飯我才跟來的，誰知道他只叫了酒和下酒小菜！一般人帶小孩子來這種地方，至少會叫點飯菜吧！」千鈞氣得七竅生煙，「可惡，又被大叔忽悠了，負責酒錢的是我啊！大叔是負責飯菜的！」柯南和小蘭這才明白毛利偵探的如意算盤，二人頭上都是黑線。
柯南發現旁邊不遠一張桌子處，有個戴眼鏡的可疑男子在那里神情緊張地發呆。此人名叫遠藤圭吾，33歲，是個牙醫。桌子上放了一杯啤酒，旁邊有菜，可是遠藤踫都沒有踫，雙手緊緊抓著手提箱，不時地看表和擦汗。小五郎搖搖晃晃站起來，椅子也被踫倒了，小蘭生氣，「爸爸，你是不是又喝醉了？」小五郎嘴硬，死不承認，向前走去，「我要去廁所！」千鈞好笑，「大叔，廁所應該不是在那個方向吧！」小蘭過去將椅子放好，「真拿你沒辦法！」
千鈞只好起身扶小五郎過去，小蘭不放心，跟在二人身後。柯南悄悄繞到遠藤椅子後的遮擋物後面，仔細觀察。遠藤很快接到了電話，低聲道，「是……是……我是一個人……你說什麼？」最後一句太激動了，遠藤大聲說了出來，引起周邊人的驚訝。遠藤急忙離開座位，來到一個僻靜地地方，「為什麼要取消？我已經把錢準備好了，我也沒有向警方報案！等一等，我要再听到圭太的聲音……喂喂……」柯南大驚，「這個人難道會是……」
遠藤交涉失敗，氣急敗壞地向外面走去。這時，千鈞、毛利父女一起回來。柯南急忙道，「我們趕快離開這里吧！」小蘭奇怪，「柯南，你怎麼了？」柯南把剛才的情況低聲告訴三人，「我懷疑發生綁架案了！」小五郎的酒一下子醒了大半，千鈞皺眉，「要不，馬上通知目暮警部？」柯南搖頭，「不行，現在還沒有確定呢，再說，萬一綁匪發現怎麼辦？」千鈞點頭，「好吧，我們馬上跟上去看看。」
遠藤上了出租車離去，千鈞開車帶著毛利三人組在後面跟蹤。毛利點頭，「的確，那個人很有可能在孩子被綁架之後，才到這里來交贖金的。」柯南贊成，「而且他自己也沒有聯系警方。」千鈞笑道，「放心吧，我會跟緊的，不會追丟的。」出租車來到遠藤齒科醫院門前，其實這里就是遠藤的家改成的診所。遠藤下車後，沮喪地開門進去，千鈞將車停在遠處，大家一起下來。
小蘭擔心，「現在怎麼辦？」毛利道，「先進去把事情問清楚吧。」千鈞皺眉，「可是我們不知道犯人在什麼地方監視啊？你們看看周圍，有很多大樓，這附近的住戶也有可能是綁匪的同伙啊！」小五郎點頭，「的確要慎重才行。」柯南笑了，「我有個好辦法，就由我來當病人吧！」千鈞也笑了，「那就演一出戲吧！」
四人來到門前，小五郎表示可以開始了。柯南大喊，「我的牙齒好痛啊！好痛啊，姐姐！」小蘭低身，「柯南，你忍耐一下啊！爸爸，已經拜托醫生了！」柯南以夸張的樣子捂著腮幫子喊痛，「受不了了，好痛啊！」千鈞急忙上前摁了門鈴，毛利上前說明來意，「我家孩子的牙齒痛得厲害，可以請你幫忙看看嗎？」柯南在外面繼續哭叫，遠藤無奈，只好換上醫生服，請大家進來。小五郎感謝，「真是不好意思啊！」
進到里面，柯南還在喊痛，小五郎實在看不下去了給他一拳，「臭小子，你還要叫到什麼時候！」遠藤圭吾想請大家到診察室，小五郎直接表明身份，遠藤大驚，「毛利小五郎，那個名偵探？」隨後，遠藤請大家到客廳，也知道了是柯南听到自己的電話，才驚動了毛利偵探。小五郎請遠藤詳細介紹一下情況，表示自己願意幫助他。
遠藤猶豫了一下，「那好吧，既然如此也表示我們有緣分。」遠藤的兒子圭太的確被人綁架了，遠藤拿出兒子的照片給大家看。今天下午圭太在院子里玩，遠藤先生忙完後，出來招呼兒子去公園，發現兒子不見了。前院里留下圭太最喜歡的紅色玩具汽車，門上留下紙條，「你的孩子在我們這里，如果報警，他就會沒命，我們會再聯絡。」小五郎查看紙條，只是一張普通的影印紙。千鈞思索，「可以確定綁匪至少有2人。對了，遠藤先生，綁匪有沒有對你說些什麼？」
遠藤說打電話來的是個年輕男子，要遠藤在箱子里放上3萬日元的舊紙幣，今晚6點鐘到星光飯店去。然而在6點之後，綁匪打來電話，單方面通知遠藤交換贖金的工作取消。小五郎問，「凶手有沒有說為什麼？」遠藤說沒有，「不過，他們說明天上午還會再跟我聯絡的。」毛利偵探疑惑，「該不會是綁匪那邊出了什麼意外吧？」柯南搖頭，「也許他們本來就不打算在今天交贖金的，綁匪就在遠處某個地方觀察遠藤先生，以便確定遠藤先生是否聯絡了警方。」
千鈞詢問，「在綁匪第一次打電話過來時，有沒有听到圭太的聲音？」遠藤表示有，「我好求歹求他們才答應的。」小五郎急忙問，「圭太的狀況怎麼樣？」遠藤苦笑，「他的聲音非常開朗，完全感覺不出有一點害怕的樣子。」小五郎一愣，「這就奇怪了，一般小孩會哭著要找媽媽的。」遠藤黯然，「因為他的母親早就不在了，我妻子去年病逝了。因為這樣，圭太跟幼兒園的老師或者附近的鄰居太太都處得很熟，她們也都很疼愛圭太。」小五郎表示自己明白了，「綁匪有個共犯，而且是個帶慣孩子的女人，很可能是這個女人照顧圭太的。」
柯南點頭，「叔叔這次的判斷還是比較靠譜的。」千鈞也低聲道，「雖然還不能完全放心，但有這個女人在，圭太被殺的可能性就大大降低了。」毛利偵探猶豫一下，「遠藤先生，這麼大的事情，老實說我應該先和警方聯系的。」遠藤大怒，擊打桌子，激動萬分，「絕對不行！要是警方介入的話的確有可能將綁匪抓住，但是卻不能保證圭太平安回來！」毛利猶豫，「可是……」遠藤厲聲，「毛利先生！我現在只有把希望放在你身上了，請你一定要把圭太平安救回來，請你務必幫我這個忙，拜托了！」說完，再三向毛利鞠躬。
小五郎正色，「我明白了，其實這次主動談事件的是我們，我會盡全力把案子圓滿解決的。」遠藤大喜，「真的太謝謝你們了！」柯南隨手將信號器貼在遠藤的箱子上。毛利皺眉，「不過，我們幾個恐怕沒有辦法繼續留在這里，我們今晚得先回去，我想凶手一定會主動跟你電話聯絡的。」遠藤表示明白，毛利表示要取走圭太的那張照片，遠藤答應了。千鈞安慰，「遠藤先生，你不要擔心了，毛利叔叔一定會把圭太平平安安地帶回來的。」遠藤再次表示道謝，「那就拜托你們了。」
第二天一大早，千鈞就來到毛利偵探事務所，等待消息。在十點鐘左右，小五郎接到了遠藤的電話。綁匪果然打來了勒索電話。提出要把贖金增到2千萬，遠藤表示數目太大了，他需要2個小時的時間去籌錢。小五郎急忙問，「你有沒有听到圭太的聲音？」遠藤回答，「有的，我按照毛利先生所說的，要求听到圭太的聲音。但是他說的話有些莫名其妙。」小五郎驚疑，「莫名其妙？」千鈞急忙道，「快說是什麼，應該是有用的線索。」遠藤提到，兒子圭太說那里有很多螃蟹，綁匪說小孩子又在胡說八道。圭太又大聲嚷嚷，「鯨魚！那只鯨魚還噴水！」綁匪突然害怕了，馬上掛斷了電話。
毛利小五郎讓遠藤先去籌錢，「如果順利，2個小時後我就把圭太給你帶回來了。」遠藤大喜，「太好了，這件事就完全仰仗您了！」小蘭高興，「爸爸，你掌握凶手的線索了嗎？」小五郎點頭，「圭太就在有很多螃蟹，還有能看到鯨魚噴水的地方。」柯南問，「叔叔，那里該不是海邊附近吧？」千鈞搖頭，「不可能的，有螃蟹還算正常，可日本人向來惡劣，又絲毫不顧及國際法，四處濫捕濫殺鯨魚，在日本周圍的海邊幾乎看不到鯨魚的。」
柯南和小蘭汗，雖然是實話，但你不是日本人嗎？毛利大喝，「你們這2個傻瓜，圭太的位置能看到鯨魚噴水，我們總不能到小笠原那里吧？」千鈞搖頭，「就算小笠原也沒有鯨魚的，都被日本捕鯨船隊殺光了，除非到中國沿海或者遠洋深處才行！」毛利哼了一聲，「其實圭太看到的根本不是真的鯨魚，我想應該只是模型。」千鈞搖頭，「不可能吧？」小五郎露出得意的笑容，「所以說是水族館！」
大家趕到南部水族館，只看到了很多各種各樣的螃蟹，工作人員說根本沒有鯨魚噴水的模型。大家只好離開，大叔打算去別的水族館看看。千鈞車上，柯南想起以前的案子，「叔叔，也許螃蟹也不是真的。因為圭太說有很多螃蟹的時候，綁匪說是胡說八道。」千鈞也明白了，「也許在大人眼中，圭太所說的東西根本不像螃蟹。」小五郎覺得有些道理，「那就是說打電話的地方不在水族館了。」千鈞補充，「但是鯨魚肯定是很像的，所以綁匪才匆忙掛斷了電話。」
小蘭看向外面，發現巨大的鯨魚飛艇從空中飛過。柯南也想起來，今天日賣電視台推廣活動的主角就是鯨魚。小蘭推測，「圭太看到的鯨魚會不會就是這個？」毛利點頭，「也就是說圭太在能看到飛行船的地方。」毛利小五郎經過打電話確認後，很快弄清楚了，綁匪打來電話的時間，正是鯨魚飛艇經過米花公園上空的時候。柯南也道，「昨天交贖金的地方，也是在米花鎮的飯店里。」小五郎點頭，「我們現在回米花鎮找找看，有什麼地方有很多螃蟹。圭太一定就在那里附近的地方。」
很快，大家趕到米花鎮，拿著圭太的照片在有螃蟹或者螃蟹模型出現的地方，如飯店、模型店、理發店、裝飾店、玩具店、文具店，仔細詢問，但所有人都說沒有看到這個孩子。小五郎很是惱火，時間有些來不及了。千鈞突然想起來，「早知道這樣，我把黑閃帶來好了，牠找人的能力還是很強的。」柯南生氣，「對啊，你怎麼不早說啊！」千鈞郁悶，「我還以為大叔能很快找到圭太的，黑閃找人也很花時間的。好了，我馬上回去，帶黑閃過來找人。柯南，你們去遠藤家將圭太的玩具和衣服拿來一些讓黑閃識別。」
大家很快分頭行動，時間一點點過去了。遠藤家，再次接到綁匪電話，約好在空宿車站的1號月台的最前面交接贖金。小五郎帶著小蘭跟過去，讓柯南拿著模型和衣物到米花鎮等千鈞。柯南趕到米花鎮後，將東西給黑閃聞，開始找人行動。柯南並不著急，因為他在遠藤的箱子上放了信號器，可以準確定位綁匪的位置。
空宿站，一號月台，小蘭和毛利躲在不遠處，小蘭擔心綁匪會讓遠藤先生登上電車。毛利也認為有這個可能，「也許他們要在別的地方交錢。」列車柵欄外面突然出現戴頭盔的摩托男，大喊，「快把箱子扔過來。」遠藤有些猶豫，摩托男大怒，「你不要兒子了嗎？」遠藤無奈只好將箱子隔空扔了過去，摩托男笑著撿起箱子。小五郎大叫不好，吩咐小蘭趕快行動。摩托男驅車離開，小五郎剛剛翻過柵欄，匆忙用照相機拍下摩托車後面的號碼牌照。
千鈞和柯南很快得到了消息。小五郎拿著號碼去交通課查詢，希望找到凶手。千鈞急忙打電話給由美，讓她配合尋找摩托車車主。柯南打開追蹤眼鏡，開始跟蹤。千鈞叮囑他小心，「你找到綁匪後，不要馬上行動，立即通知我和大叔，我在這里帶著黑閃繼續找人。我們兩條腿走路，一邊成功就是勝利。」柯南匆匆忙忙用滑板追過去，他很快發現信號器一直不動，心里大喜，以為很快就能找到綁匪的落腳處。結果在垃圾堆附近發現了空箱子，里面的錢已經被取走了，柯南懊惱萬分，「綁匪中途換了箱子，現在只能把希望寄托在毛利叔叔那里了。」可是，隨後，柯南在垃圾堆發現摩托車的假牌子，「不好了，這下完全失去綁匪的行蹤了！人質處在危險中了！他們拿到錢可能會把圭太……」
柯南思索，「現在必須找到螃蟹和鯨魚一起出沒的地方才行，黑閃那里進展太慢了。」猛然想到，圭太說過鯨魚會噴水，但飛艇根本不可能噴水。「這是怎麼回事？難道圭太看見的根本不是飛行船嗎？」這時，幾個清潔工過來，開始收拾垃圾，扔到煉化爐里焚燒，柯南恍然大悟，「原來如此，煙囪的事情，這個跟以前谷晶子被綁架的事情完全相似。小孩子的話果然很難猜，一定是這樣。」
小五郎很快接到了交通課的通知，摩托車的牌照和號碼都是偽造的，毛利偵探徹底傻眼了。由美不知道毛利偵探為什麼要找這輛摩托車，但也沒有多問，因為可能涉及到毛利偵探的委托人**。柯南發現星光飯店大廈那里是可以看到煙囪冒煙的，同時也能看到鯨魚飛艇經過。柯南馬上趕到頂樓查看，果然，米花公園剛好在煙囪和大樓之間，圭太一定是看到了飛行船從煙囪前經過。但是星光飯店的高度還不夠，必須要跟飛艇差不多高才行。那麼在附近有這個條件的只有旁邊的粉色大廈。柯南突然發現星光飯店頂樓，露天的桌子和椅子的形狀很奇怪，搭配在一起的話，在從高處觀看，有點像螃蟹的大致形狀。
柯南趕到粉色大廈，乘上電梯，在高處向下看去，果然很像排列整齊的螃蟹，只不過每個螃蟹的腿只有4條了。而實際中，螃蟹加上2個鉗子共有10條腿。當然，小孩子沒有仔細注意，也是情有可原的。柯南立即推斷，圭太一定就在樓上的某個房間中。柯南在樓道里面轉悠，看到飯店的女清潔員，急忙掏出照片走上去，「阿姨，你看見這個孩子在哪個房間？」歐巴桑看過後，「哦，是他啊，就在樓上的一個房間里。不過，他剛才已經跟爸爸媽媽回家去了。」
柯南大喜，謝過清潔大媽。「好啊，終于被我逮到了！圭太到現在還平安無事。」同時，千鈞帶著黑閃一路追蹤也來到了大廈外面，黑閃沖著里面狂吠。千鈞有些疑惑，牽著狗進來。飯店保安甲乙急忙過去勸阻，指著門口的牌子，「對不起，這位先生，我們飯店不接待寵物……」千鈞一看，徹底無語了，上面寫著「窮人和狗不得入內」。
戴著墨鏡的綁匪夫妻正在辦理退房手續，男子名叫小室，女子叫做尚美。小室在跟飯店前台交接並取回押金。尚美拉著圭太，圭太另一只手里拿著假面超人模型，在獨自做游戲。尚美有些不忍，「我們真的要把這個孩子殺掉嗎？」小室大怒，「你很煩啊，怎麼又開始婦人之仁了？走了！」
柯南從電梯里跑出來，大喊，「圭太！」三人一起回頭。這時，千鈞拿出警視廳特別協助證件說服了保安，牽著黑閃進了旋轉門，黑閃看見圭太，沖著綁匪夫妻大聲狂吠。柯南大喝，「那兩個人是綁架犯，大家快把他們抓起來！」保安甲乙這才徹底相信了千鈞的話，小室大叫不好，突然拿出刀子抱起圭太，「可惡，不準動！誰要是動一下，我就殺了他！你們3個快到那邊去！」千鈞只好示意，三人慢慢後退。
小室和尚美慢慢向旋轉門退去，小室回頭對尚美說，「前面不遠停了一輛機車，趕緊抓緊時間跑過去！」千鈞暗道好機會，「黑閃，上！」黑閃突然從旁邊竄出來撲到了小室，小室發出慘叫，松開了圭太，圭太跌坐在地上，千鈞極速奔至，重拳出擊，打倒了驚駭的尚美。柯南過去扶起不知所措的圭太，「終于解決了，你不要害怕，黑閃不會隨便咬人的。」保安甲乙上前幫忙，將綁匪夫妻捆了起來，飯店前台也急忙報警，通知了警視廳。
柯南向千鈞解釋了螃蟹和鯨魚的真相，千鈞苦笑搖頭，鯨魚還有點樣子的話，螃蟹就太夸張了，小孩子的話果然相信不得。柯南也嘆氣，「早知道這樣，我們早點帶黑閃找人……」千鈞點頭，「這話是不錯，當時一著急，我們都忘了。不過，我們也是今天上午才確定圭太是在米花鎮這一帶，如果範圍較大，黑閃找起來也會很費時間的。」
遠藤圭吾趕到後，看見兒子平安無恙，抱著兒子喜極而泣，「太好了，你沒事可太好了！」毛利父女也松了一口氣，事情總算完美解決了。小五郎問千鈞和柯南怎麼找到這里的，千鈞指了指黑閃，柯南說是巧合，「我本來到飯店找螃蟹的，結果在樓下發現了圭太。這次多虧了黑閃撲到了綁匪，救出了圭太。」
小五郎哈哈大笑，「這兩個綁匪真是自作自受！」隨後趕到的目暮警官臉色不善，「毛利老弟，我在電話里已經听柯南和千鈞說了。」小五郎急忙敬禮，「目暮警部，你好！」目暮哼了一聲，「八嘎，你們知道有綁架案為什麼不馬上通知我們警方？」毛利一愣，不知道怎麼回答。旁邊，佐藤和高木給2個綁匪帶上手銬。目暮火大，「難道說你這個名偵探根本不信任我們警方？」小五郎擦汗，急忙擺手辯解，「不是，絕對沒有這樣的事情！」之後，毛利偵探用了一個小時的時間向目暮警官道歉解釋。柯南做出勝利的手勢，「偶爾為之也不錯啦！」
尾聲，小室和尚美夫婦綁架遠藤圭太，意圖殺人滅口，小室因此被法庭判處6年徒刑，尚美因情節較輕，又無意加害圭太，被判處3年徒刑。毛利小五郎因破獲螃蟹和鯨魚綁架案件，警視廳給以c級獎勵。本來可以是b級的，但由于小五郎故意隱瞞警方，被警視廳降低了獎勵標準，這讓毛利非常氣憤。遠藤圭吾為了感謝毛利偵探救出兒子，付了一大筆委托費，讓小五郎轉怒為喜。千鈞和柯南二人郁悶萬分，「可惡，明明是我們找到了綁匪！」「是啊，綁匪也是我和黑閃擒住的，可是功勞全成大叔的了！」