等到拂曉的時候，搜索隊和村民自衛隊紛紛傳來消息，沒有發現任何可疑人物。小蘭、曉月、千尋已經熬不住困意，爬在桌上睡著了。柯南和千鈞、毛利還在耐心地等待消息，最後的結果讓人失望。不過，由于沒有船只，任何人都無法離開，可以證明凶手還在島上。老警察下令，「請守夜的人留下，其他人都回自己家休息。」小五郎指著地圖，提醒他，「這個地方還沒找過呢！」老警察的臉色不太好看，「這個地方，還是不用找了吧，那里是水軍洞穴！這個島上的居民，沒有人敢靠近那里的！」
老警察繼續辯解，「光靠我一個人也不行啊！」三上武男很生氣，「你是我們村子的警察，怎麼可以說出這麼沒出息的話！」老警察惱怒，「那村長你自己去好了！反正我這個警察也該退休了。」三上村長色厲內荏，「胡說八道，為什麼要我自己去？」毛利和千鈞一起搖頭，這都什麼人啊！
天亮了，太陽跳出了海平面，霞光萬道照射著敷島。柯南卻覺得自己的推理有些問題，千鈞疑惑，柯南解釋，如果上原殺了 田，應該已經把金塊所在地問出來了，「可是為什麼昨天晚上他還要到 田的房間東翻西找呢？」千鈞皺眉，「那我們再去龍神號現場看看吧，也許能發現什麼。」柯南點頭同意。
千鈞打暈看守後，二人進入倉庫，柯南在船上發現了青苔，這是敷島特有的一種青苔。柯南斷定這艘船果然沒有沉到海底去，「這7年來，它是怎麼躲過村民們的耳目，而隱藏得這麼好呢？」柯南看到遠處的燈塔，恍然大悟。隨後二人來到燈塔，千鈞抱起柯南，讓柯南通過架子上的望遠鏡觀看遠處，果然看到了水軍洞穴。千鈞笑道，「如果是那里，自然就沒有人肯靠近……」柯南大驚，「難道……上原從這里觀看的話，就很清楚了，所以他根本沒有拷問 田的必要。」
二人匆忙離開燈塔，打算前往水軍洞穴。然而，所有的路口都被村民把守住了，千鈞試著上前交涉，但村民們拒絕任何人去打擾水軍的靈魂。柯南躲在灌木叢後著急，三上鈴從身後突然出現，用小手輕輕敲打柯南的肩頭，嚇了柯南一跳，柯南回過頭，不屑，「原來是你啊！」三上鈴很生氣，「你這是什麼口氣啊！你不是想到水軍洞穴去嗎？」柯南點頭，沒好氣地說，「你難道有辦法？」三上鈴很得意，「不用擔心，我可以告訴你捷徑。」
柯南大喜，「真的嗎？怎麼走，快點告訴我！」三上鈴開始拿喬，「什麼啊，你這樣子也是求人的態度嗎？」柯南忍住氣，「小鈴，求求你了！」三上鈴不滿意，「就這樣啊？」柯南火大，「要不然，你還讓我說什麼？」三上鈴轉過身，指了指自己嘴唇，張了張嘴。柯南臉紅，大驚，「干嘛？你在想什麼啊！」三上鈴冷笑，「不願意就算了，我要走了。」柯南頭疼，「煩死了！」三上鈴主動讓步，指了指自己的臉蛋，「親這里也可以，來……」柯南無奈，只好親吻了三上鈴的臉頰。三上鈴高興萬分，決定馬上帶柯南去水軍洞穴。柯南惱怒，「這家伙真過分！」
經過多次交涉失敗後，千鈞不得已放倒路口的所有守衛村民，卻發現柯南不見了。此時柯南和三上鈴穿過捷徑，抵達了水軍洞穴。三上鈴露出懼色，「你不會真的要進去吧？」柯南無所謂，「我當然要進去了。」「可是……」柯南好笑，「你不是不相信大家說的那些迷信嗎？」三上鈴嘴硬，「那當然了，我只是身為你的保護者，警告你而已！」柯南笑道，「你要是害怕，就留在這里吧！」
柯南信步向里走去，三上鈴猶豫一下還是追了上去，「等一下，大家說的那些全都是迷信吧？」柯南哼了一聲，鑽過攔線，和三上鈴走入洞穴，洞口卻閃現一個黑色的人影。三上鈴緊緊攬著柯南的肩膀，來到洞穴深處，發現點著蠟燭的神位。三上鈴道，「被殺死的 田就是在這里照顧水軍的。」這時，突然起風了，吹入洞穴發出嗚嗚地淒厲聲。三上鈴害怕極了，捂著耳朵蹲在地上，「水軍的靈魂生氣了！」柯南發現了破綻，走過去推動木制的神位。三上鈴大驚，「柯南，你等一下！」
柯南推開神位後，發現後面又是一個洞穴。「剛才那陣風根本不是水軍的靈魂生氣了，是從縫隙中吹進去的風在洞穴里面引起了共鳴。」三上鈴很是佩服，「要進去嗎？」柯南嗯了一聲，二人順著階梯走下去，柯南發現這個階梯不是自然形成的，而是什麼人特意堆壘而成的。三上鈴發現前面有亮光，二人向前跑去，但是階梯突然崩潰倒塌了，二人驚叫著向里面滾去。
幸好，下面已經不是很深了，二人爬在了階梯磚塊上。三上鈴抱怨，「這是什麼階梯啊，做的時候這麼馬虎！」柯南揉了揉頭部，真的很痛，撿起一塊青磚，發現這磚很重，上面的青苔果然是島上特有的。洞穴的前面出口，正對著外面的大海，碧藍的海水輕輕地拍打在洞口的岩石上，發出清脆的水聲。三上鈴跑過去，很是開心，「柯南，這里好漂亮啊！」柯南跑過去觀察旁邊的岩壁，上面沒有青苔，證明這個地方崩塌沒有多久。「對了，就是因為台風，這里才開了口子。」
柯南很快發現旁邊有一處很大地方，似乎被什麼東西磨過，看來龍神號果然是藏在這里的，這個出口在龍神號進來之後被封住了，又因為台風，讓龍神號重見天日。三上鈴突然發出尖叫聲，柯南急忙跑過去，上原康夫渾身是血倒斃在另一側岩壁旁邊。柯南走過去檢查，看樣子不像是自殺，這麼說凶手是……這時，一個人從後面悄然出現……
村公館，老警察接到了電話，「如果這樣的話，太感激你們了。」老警察掛斷電話，告知毛利偵探，村民們組成自衛隊，現在從海岸那邊開始包圍水軍洞穴了。小五郎大喜，「我們走，小蘭！」小蘭急忙道，「等一下，柯南不見了！你有沒有看到？」小五郎生氣，「我哪里知道他跑到什麼地方去了，八成跟千鈞那個小子在一起！或者跟那個小女孩去玩了！好了，快點走了！」小蘭只好跟上，曉月和千尋卻笑嘻嘻地走向來時的海岸碼頭，海上自衛隊的人應該到了。
走進洞穴的人是木下五郎，他認為上原是因為逃不出去而畏罪自殺的，「我是看見你們進來，才追上來的。來，我們回村子去吧！」三上鈴答應一聲就要走過去，柯南伸手攔住她。木下奇怪，「哪里不對嗎？」柯南淡然，「我認為這個人根本不是自殺，他是被人殺死的。」木下驚疑，柯南指了指上原康夫的傷口，比起他左邊太陽穴的傷口，右邊太陽穴的傷口要大得多，「這就是子彈從左邊進去右邊出來的最好證據。可上原先生的手槍卻是握在右手。右手握槍從左邊太陽穴開槍自殺，太不合常理了吧！」
木下五郎大驚失色，露出猙獰的笑容，「事情到了這個地方，也沒有隱瞞的必要了。」說話間，木下已經從死去的上原手中取下手槍，對準了柯南和三上鈴。三上鈴驚駭，「為什麼？」木下奇怪，「柯南，看你的樣子，一點也不覺得驚訝？」柯南冷笑，「你手臂上的傷是你自己開槍射的吧！」木下一愣，「怎麼你連這件事情也注意到了？」柯南哼了一聲，「千鈞哥哥也發現了。那個時候你襯衫上有燒焦的痕跡，那就表示你把槍口壓住襯衫開槍的，但是你卻說是上原開槍射的，如果是突然開槍，絕不會把槍口抵近開槍。你騙騙無知的村民和糊涂警察還行，卻絕對騙不過千鈞和我！」
木下五郎嘆服，「你這孩子果然有一套！」「殺死 田的人也是你吧？」木下大笑，「你說得沒錯。」原來，木下五郎從很久前就覺得 田幸二不簡單了，所以常常想趁 田不在燈塔的時候去調查，後來他發現了望遠鏡。木下本來打算自己慢慢找出金塊到底藏在哪里，沒想到貪心的村長卻開始妨礙木下的事情，還找來了毛利偵探。三上鈴惱怒，「我爸爸一點也不貪心！你自己還不是偷了鄉公所里面的公款！爸爸都告訴我了。」
木下哼了一聲，「我的確是心急了，沒有錯，毛利小五郎是聞名天下的名偵探，知道他要開始調查，我就打定了主意，只要我先把金塊找到就行了。除此之外，還可以把這個有野心的上原康夫一起解決掉。」柯南明白了，「所以你為了這個原因，故意把毛利叔叔引入殺害 田的陷阱里。」木下點頭，「我做的最錯的地方，就是低估了同來那個怪偵探。」柯南冷笑，「不是低估了，是你的伎倆太幼稚了，是個有頭腦的人都能看穿你的手法。如此說來，你已經從 田口中知道了金塊的下落了？」
木下沒有否認，在他的嚴刑逼供下， 田不得已說出了這個地方。 田的確在龍神號上待過，另外一個人就是上原。7年前， 田為了獨吞金塊，將船主和上原等船員都丟進了大海。而 田的真實姓氏就是青木，他為了躲避台風，就把龍神號開進了洞穴，沒想到7年後也因為台風，使得入口的岩石崩塌了。這也許歸咎于他的計算失誤，但是除了這里也沒有別的隱蔽地方了。
而島上的村民因為害怕水軍作祟不敢靠近。5年前，那些大學教授來這里調查，為了讓村民們以為這里有水軍作祟，他就穿上水軍盔甲把那些教授和學生們都殺了。 田的臉是他自己燒傷的，因為他擔心被以前相識的人認出來。柯南听完了木下的敘述，「你之所以會在旅館里面假裝被上原射傷，為的就是讓他逃跑，對不對？因為如果他被捕的話，你殺害 田，還有金塊的所在地就都會曝光。」
木下哈哈大笑，「你說得沒錯，上原也漸漸察覺到這個地方了。」那把槍也是上原的，當時在賓館，木下把千鈞騙到樓上查找，而木下直接去房間找到上原，告知了他外面的危險情況，讓他趕緊逃跑。上原覺得有些奇怪，還是相信了木下。木下從上原那里拿過手槍，理由是，如果被人發現逃跑的上原身上佩戴手槍的話，就更加百口莫辯了。上原道謝後，跳窗離開，木下就用手槍上演了《尼羅河慘案》的戲碼。然後，在大家開始搜索的時候，木下繞到這個洞穴，用手槍將上原擊斃。
木下講解加上柯南的推理，事情很快都說明白了。木下大笑，「你還真厲害啊，被你猜中了**。好了，我們的談話也該結束了。你們兩個小鬼就算死在這個地方，也不會有人發現你們的，永遠不會！」三上鈴害怕極了，緊緊抓著柯南。柯南暗暗叫苦，「你不想知道哪些金塊的下落嗎？」木下不以為然，「反正那些金塊一定被埋在這里，我只要等風聲松了後，再來尋找就行了。」柯南哈哈大笑，木下惱怒，「有什麼可笑的？」柯南止住笑聲，「靠你這點智商，我看就算花一百年也找不到金塊的。」「你說什麼？」「你還不知道嗎？」
木下大驚，「難道你已經知道了？」柯南露出招牌笑容，「沒錯，金塊就在你的腳下。」木下低身查看，柯南立即啟動鞋子，踢飛磚頭，攻擊木下。木下的反應很快，斜斜閃避，但還是被擊中了肩頭，木下發出慘叫，大怒之下，右手舉起手槍，柯南大驚。這時，一道光芒閃過，木下手中的槍斷成2截，掉在地上。千鈞手持七夕劍出現，飛起一腳踢飛了木下，木下慘叫倒在地上昏了過去。柯南惱怒，「你怎麼現在才過來？剛才真是危險至極……」千鈞微笑，「沒有啊，我一直跟在木下五郎身後，只不過你們沒有發覺罷了，我的追蹤術是不是又進步了，哈哈……對了，你說那些金塊……」
柯南撿起地上的磚塊，「這些金塊早已經被做成階梯了，所以才這麼重！」三上鈴大呼，「柯南，你太厲害了！我喜歡你！」三上鈴沖上來摟住柯南，柯南無可奈何，千鈞撿起磚塊，搖頭，「不對啊，柯南，這些磚塊很正常啊，不是很重啊！」柯南一愣，「那是因為你力氣比較大吧？」千鈞好笑，「不是，磚塊跟普通的磚塊沒什麼區別。因為你是小孩，所以覺得磚塊很重。如果真是黃金，你絕對踢不動的。」說完，千鈞隨手劈斷了磚塊，里面不是黃金，依然是青磚。柯南疑惑，「奇怪，那金塊到底藏在哪里呢？」「我怎麼知道？」三上鈴發出歡快的笑聲，「反正就在這里，一起找找看……」
說話間，洞穴開始坍塌，落石吩咐墜下。三人無不大驚，千鈞擊碎幾塊落石，大叫，「快走，那邊有一艘簡易木船，是 田準備逃跑用的。你們先到出口那里，我來帶木下和上原的尸體。」在緊張的氣氛中，千鈞拽著木下和死去的上原登上了木船，巨大的洞穴完全坍塌，上面的山崖都掉落下來。木船向大海劃去，柯南嘆息，「那些隨著這座山一起崩塌的金塊，以後也許再沒有出土的那一天。因為為了十億元的金塊，必須花費超過十億元以上的金錢，才有可能挖出來，太不劃算了。」就這樣，引起人類潛在**的金塊，就伴隨著水軍作祟的陰影，全都沉到海底深處去了。
三人努力向大海劃動，遠處出現巨大的軍艦，還有很多巡邏艇。千尋和曉月都在軍艦上，看到千鈞他們，二女在軍艦上大聲揮手歡呼著。海軍自衛隊的兵馬終于趕到了，他們還在海上找到了所有失蹤的船只，那些船只被綁在在一起，一起拋錨在敷島北方不遠之處。毛利和村長、老警察等人弄醒被打暈的看守村民後，也來到洞穴附近。看著洞穴的塌陷，徹底失望了。毛利小五郎也推斷出金塊應該就在里面，三上武男後悔極了，他怎麼也沒想到自己夢寐以求的金塊，一直就在這里，可是現在根本拿不出來了。
敷島上，大家在碼頭會合，毛利偵探非常生氣，痛扁了柯南，「可惡，居然自己亂跑，要不是千鈞過去救你們的話，還不知道會怎麼呢？」柯南捂著頭喊痛，三上鈴大怒，走過去，「你竟敢欺負我的柯南！」一腳擊中毛利偵探的下方要害，大叔臉色劇變……小蘭、千尋、曉月都目瞪口呆，千鈞哈哈大笑，柯南嚇得冷汗直冒，「這個丫頭，嚇死人了！」
毛利一行人和老警察押著木下五郎，帶著上原和 田的尸體，離開敷島，前去東京警視廳，將案件正式移交給目暮警官。柯南和三上鈴依依惜別，三上武男面對強勢的海上自衛隊，不得不低頭，咬牙出了重金才贖回了所有的船只，還被迫將島嶼的東部港口留給自衛隊做了海軍中轉站，海軍自衛隊這邊自然是皆大歡喜。千尋和曉月對那些黃金不能取出來，覺得太可惜了，這次敷島之行沒有達到預期的收獲。
到了東京，前往警視廳路上，柯南好笑，「三上村長這次耍無賴撞上鐵板了，賠了夫人又折兵啊！千尋的爺爺還真是厲害啊！」千尋搖頭，「其實爺爺也沒有那麼夸張的勢力，關鍵還是利益，自衛隊應該一直在偷偷打敷島的主意，這次的事件不過是個契機而已！」曉月也說，「依然軍中傳統習慣，如果沒有我們這次敷島之行的話，他們也會想辦法制造出意外事件來達成目的，這叫以下克上！」大家都汗，日軍的「優良傳統」一直這樣保存下來了啊！
柯南也笑起來，低聲對千鈞道，「原來，你那天晚上出去那麼久，把敷島所有的船只都弄到了海上，又通知了海軍自衛隊來接收。」千鈞露出笑容，「我可是良好市民，最遵紀守法的，這個也許是水軍作祟吧，哈哈……」柯南汗，這家伙還真是一點虧都不肯吃啊。柯南還有些疑惑，「那個洞穴坍塌的有些奇怪，感覺好像里面被掏空了一樣，太巧了，剛好是我們在那里的時候……」千鈞皺眉，「也許是海水長期的侵蝕，再加上台風的作用吧。」柯南點頭，「大概是這樣吧！」
然而真實的情況，只有千鈞自己才知道。那天晚上，他就找到了洞穴里的所有金塊，本著雁過拔毛的心態，千鈞將金塊都放置到了最大儲物空間里，然後才進行了船只失蹤行動，所以才耽誤了更多的時間。洞穴的坍塌，也是因為千鈞取走了黃金，導致岩壁中空，在海水潮起潮落沖擊下，已經搖搖欲墜。柯南他們的到來，階梯又崩潰了，這都加速了洞穴山壁的最後坍陷。
當天，從警視廳回去後，千鈞照樣將金塊取出來，分成3份存放，因為雞蛋最好不要放在一個籃子里。一份放在千鈞宅花園的地下空間中，另一份放到秘密基地的森林之下，剩下的那份交給藤野先生作為儲備金放入公司的保密金庫中，幾乎所有的大公司都有儲備金，因為日元貶值是很厲害的。正如mks所說，金銀天然不是貨幣，但貨幣天然是金銀。當然，前2個儲存地方，只有千鈞自己知道，千鈞都加了各種自然能量保護，只要有人侵入，下場會非常淒慘的。藤野先生的金庫那邊，也有非常安全的各種設置，外人幾乎不可能侵入，除非是魯邦三世和怪盜基德這樣的超級高手，當然，千鈞在里面也做了些手腳，就算他們兩個進入公司金庫，也夠他們喝一壺的。
尾聲，木下五郎為了黃金殘忍殺害 田幸二嫁禍給毛利小五郎、殺害上原康夫，意圖殺死柯南和三上鈴滅口，並挪用敷島公款，被法庭判處30年徒刑，恐怕要在監獄中度過余生了。 田幸二殺害昔日船主船員、水軍教授等人，罪行重大，但因為人已經死亡，法庭不再追究。千鈞抓獲木下五郎，查明了案件的真相，警視廳給以a級獎勵。毛利小五郎非常惱火，因為風頭被千鈞給搶走了。
警視廳在公布幽靈船案件的同時，還向媒體公布了7年前幽靈船失蹤之謎，5年前水軍教授消失之謎，這2案的結果，引起了巨大的轟動。那些遇難的水軍教授和學生們的家人，頻頻向政府抗議，不斷舉行示威游行。媒體也指責政府在事件發生後，毫無作為，只是將這些人列為失蹤人口。政府承受了很大壓力，最後不得已賠償了那些遇難者家屬大批的撫恤金，事情才算結束。