大家一起前往察看，原來放在校舍樓里體育室的優勝錦旗不知被什麼人割裂的支離破碎，修好高中的人都非常慌亂。因寄放在學校的優勝錦旗被割，修好高中保護不利，為了維護學校的名譽，修好校長決定退出比賽。學生們、老師們都是不滿之聲，但又無可奈何。修好高中的校長禁止無關的人過來，將米花高中的人趕出來。小五郎已經喝多了，躺在休息椅上睡過去。
柯南奇怪為什麼不報警，園子冷笑還不是為了面子，因為不論犯人是外部人還是內部人學校都要整理出應付的對策來。小蘭點頭明白，大家的目光都轉向睡在椅子上的毛利小五郎，小蘭上前將老爸弄醒，「爸爸，快起來，工作了！」小五郎睜開眼，「岸田先生，我真的不能再喝了！」大家頭上都是汗。
小五郎帶著大伙趕到現場，打出自己的名號，引起一片震驚聲。隨後毛利偵探開始進行調查。3樓錦旗放置的房間有2扇窗戶，其中向陽的這扇對著比賽的場地，在這里觀看比賽最好不過了。小五郎大怒，抓起搗亂的柯南，「閑雜人等是禁止進入這里的，懂嗎？」柯南暗暗叫苦，小蘭急忙過來阻止老爸使用暴力，小五郎只好將柯南放下。千鈞發現另一面窗戶被打碎了，外面還有梯子，急忙招呼大叔。小五郎認為犯人是從學校外面爬進來的，修好校長贊成，「不愧是名偵探，這件事情就拜托了！」修好高中所有人的情緒都很失望，因為沒有辦法參加比賽了。
柯南上前詢問管理員梯子以前是放在哪里的，管理員道，「平時放在倉庫中，不知道什麼時候搬到這里來了。倉庫是有鎖的，可是今天早上鑰匙不見了。」經過在管理室查看，毛利偵探發現同時不見的還有理事長房間的鑰匙。小五郎立即斷定，「犯人是你們學校里面的人。」修好校長大驚失色，小五郎解釋，「犯人是利用鑰匙打開理事長房間的門後進入錦旗室的。那個梯子不過是偽裝行動，是故意讓人以為是學校外面的人做的。」大家議論紛紛，會是誰做的呢？
修好校長詢問，「毛利偵探，你這麼說的證據是什麼？」小五郎在柯南提示下，明白過來，「窗戶附近的地板上都是玻璃碎片，如果凶手踩到上面走到錦旗旁，一定會有沾在鞋子上的碎玻璃掉落才對，但是錦旗附近的地面非常干淨。所以這個只是犯人的障眼法而已，他根本不需要這樣進來。」柯南暗自點頭，很好就是這樣。千鈞奇怪，「為什麼犯人這麼希望把責任推到外人身上呢？」小五郎推斷案件發生的時間在比賽的時候，文良也反應過來，「那比賽時不見的人就是犯人了。」
目擊男學生甲說看到江藤進入到校舍這里，目擊女家長甲也說看到了，江藤頭上都是汗，「別開玩笑了，我的確到校舍去過，但是我去上廁所。」毛利偵探詢問是否有人能夠證明，江藤擦汗，「這個……，不過，校舍里不止我一個。」園子也道，「對了，小也中途離場進入校舍了。」隊員們很快證實小自稱是去保健室，健也站出來，承認是自己割裂了優勝錦旗。所有人都大驚，隊員們都不敢相信，詢問他為什麼要這麼做，小低頭，「我最近投球不太順手，大家看到我今天的表現就應該知道，這是因為我害怕參加大賽。」
小雅走過來，「小同學，你的確投得很差，但是我記得是從第七局做假動作以後才失常的，在這之前你打得非常好。你如果不想參加比賽的話，假裝生病將主力位置讓給江藤同學就可以了，不需要把錦旗割破啊！」健也一時說不出話來，「新莊同學，我……」千鈞皺眉，「原來你認識小雅啊！」小點頭，「我也到米花高中看過女子棒球比賽，所以認識兩位新莊同學，原來這位是靜雅同學。」千鈞無語了，這家伙也是分不清靜楊和小雅姐妹啊，不過這次他應該認清了，下次一定要讓她們兩個還穿一樣的衣服。靜楊也奇怪，「你做出偽裝外人入侵的行為又是為什麼呢？」小無言以對。
這時，那個中年女子走了過來，原來她是健也的母親美。柯南覺得奇怪，這對母子竟然互相躲避彼此的視線。美推開人群走進來，直言錦旗是自己割的，不關兒子的事情。小急忙攔住母親，聲稱是自己做的，還拿出了凶器，一把刀子。小五郎接過查看，上面的碎屑跟錦旗的圖案是一樣的。現在大家都相信犯人就是小了，隊員們怒氣沖天揪住小大聲責問。隨後，學校的高層開始討論怎麼處理這件事情，棒球隊員們也都心情沮喪，美也非常難過。
幾個女生都不太相信小會做出這樣的事情，園子尤其難過，為小鳴不平。柯南在比賽場地轉了一圈，發現投手的位置剛好能看見錦旗室的窗戶，千鈞提到修好校長是個左撇子，他將棒球扔給隊員時發現的。柯南突然想起什麼，低聲跟千鈞商量一下。趁著管理員打瞌睡，千鈞帶著柯南再次偷偷潛入錦旗室，柯南仔細查看了錦旗的割裂處，眼楮發出光亮，明白了事情的真相。柯南不明白的是那人的動機究竟是什麼，能獲得什麼好處呢。
二人悄悄出來後，听到幾個女生在走廊里瞎聊，園子提到，學校有人對修好高中成為棒球大賽的種子隊感到非常氣憤，因為修好高中本來就是升學高中，要是棒球隊越來越興盛的話，大家都要去加油助威，這樣就不能很好地準備考試了。管理員從房間走出來，園子嚇了一跳，「因為這本來就是理事長的方針，他最討厭的就是運動了。他最大的希望就是這所學校造就更多跟他一樣的名人，他對棒球的榮譽根本不屑一顧。其實，他本來今天應該會到學校來的。」大家終于明白了，理事長想今天過來說明棒球隊解散不參加比賽的事情，但好像身體不適未能成行。柯南這下全明白過來，真相只有一個。
為了進行名偵探推理秀，柯南騙大叔說女學生們要找他簽名，大叔很是得意地來到錦旗室，臉上露出y蕩笑容，「女高中生啊，可是這樣子不太好吧，真是的，小蘭她們也在，在學校做這種事情太……」小五郎剛坐好，就直接被柯南麻醉了。隨後廣播里傳來小五郎的聲音，請大家到錦旗室集合，即將發表事件的真相。
大家都到後，修好校長很是惱火，「毛利先生，你的工作結束了，稍後我會將酬勞付給你的。」小五郎冷笑，「事情還沒有結束，因為真正的犯人還沒有找到呢。」校長惱怒，「犯人不是小嗎？他已經認罪了。」小五郎否認，「犯人不是小，也不是他母親美惠。」隨後仔細解釋了整個推理過程，小蘭做了示範，大家發現小蘭習慣用右手的。
所謂割旗的手法，首先爬梯子把理事長辦公室的玻璃打破，讓大家以為是外來人員做的，然後拿著鑰匙直接開的門。錦旗上的劃痕是從左上到右下割的，說明割旗的是個慣用左手的人。而且切口比較靠下，可以斷定身高不超過160公分。
小投球是用右手，證明他不是左撇子。隊員們想起江藤是用左手投球的，都懷疑起江藤來。小五郎說道，「小搶了江藤的主力位置，江藤惱恨之下退出棒球社，從這一點上講他確實有動機，但江藤也不是凶手，因為江藤的身高超過180公分。」這時有人發現美的身高不足160公分，她也承認自己只有157公分，但她也不是左撇子，所以說她也不是凶手。
美說明來意，她是來說服理事長想讓兒子繼承父親醫生的職業，並退出棒球隊放棄比賽的。小五郎嘆息，「原來你也不知道理事長今天本打算過來宣布退出比賽的，真是太諷刺了。」案發時，美前來求見理事長，但理事長不在她就離開，剛好被江藤看到。而真正的犯人趁著這個機會進去割裂錦旗，小通過窗戶看到母親，就匆匆趕到錦旗室，犯人慌張之下將刀子掉在地上離去，健也撿起來，他誤以為母親把錦旗給割壞了。所以被發現後，母子二人爭著認罪。「所以，真正的犯人是在太太朝著學校走時，消失在學校操場上的那個人。他是左撇子，身高也在160公分以下。」
大家互相看，犯人到底是誰呢？小五郎大喊一聲，「千鈞！」千鈞微笑，扔出一個棒球，修好校長本能地伸出左手接住。所有人都明白了，「怎麼會？」「不會吧？」「沒錯，真正把優勝錦旗割破的犯人就是你，校長先生！」校長先到操場上，讓大家看見自己出現，隨後馬上抽身，事先做好偽裝工作，造成外人入侵的假象，割破錦旗後立即回到操場。
校長不服氣讓毛利偵探拿出證據來，毛利偵探冷笑，「證據就你的口袋里，那里還有理事長室的鑰匙吧！」校長大驚，本能地捂住口袋，千鈞上前將他的手抓住，將鑰匙取了出來。小五郎嘆道，「你本來想事情結束後，將鑰匙放回管理室的，但是後來出入的人太多，你認為不放回去也沒事。」
修好校長羞愧難當，無言以對。管理員匆匆跑來通知大家，理事長在醫院氣絕身亡了。修好校長跪在地上說出真相，理事長讓他靠自己的力量讓學生們退出比賽，但在家長和媒體的關注下這件事情並不容易，只有讓理事長以強硬手段迫使棒球隊退賽，這種做法肯定會被社會大眾批評的。「大家會說破獲年輕人的美夢，算什麼好學校，所以我們不但要退出比賽，還必須守住學校的聲譽。」千鈞撇嘴，暗道日本人就喜歡用這種賊喊捉賊的借口來挑起事端達成目的，從九一八到盧溝橋都是這樣，看來是有傳統的。
毛利偵探冷笑，「你和理事長兩人已經把這些年輕人的夢想親手破壞的不堪入目了！」修好校長點頭，轉過身來，向所有的學生家長下跪道歉。毛利偵探清醒過來後，在千鈞的提示下知道了剛才發生的事情，小五郎就給雙方斡旋，最後決定，這件事情到此為止，校長允許棒球隊參加比賽，不再進行干涉。隨後繼續進行比賽，米花高中非常遺憾地敗下陣來，修好高中取得了秋季大賽的比賽資格。
看著修好高中的隊員和觀眾歡呼慶祝，米花高中這邊自然是淒淒慘慘，雲靈抱怨都是園子反水才造成這樣的結果，大家都有些無語了，文良嘟囔，「根本是實力不濟嘛，明顯不是一個級別的對手……啊，當我什麼也沒說……」非常遺憾，文良遭到了雲靈的狂怒鎮壓。比賽結束後，大家也準備起身離開，健也匆匆跑過來，園子大喜過望，「我的春天終于來了，小總算注意到我給他的支持了……」看著花痴的園子，大家都不忍心打擊她。果然，小先向毛利偵探表示了謝意，隨後紅著臉向小雅發出約會邀請，在大家的起哄下，小雅無奈地答應下來。大家都露出善意的祝福，只有千鈞和園子火冒三丈，二人難得同仇敵愾，「太過分了，絕對不可以原諒！」
到了約會日，千鈞經過勸阻無效後，就偷偷跟在小雅身後。小雅露出笑意，她雖然沒看到千鈞在哪里，但她感覺到千鈞一定在附近。健也與小雅約在一家咖啡廳見面，二人都喜歡棒球運動，因此相談甚歡。千鈞就在附近不遠處，急得像熱鍋上的螞蟻，有心過去吧，擔心小雅責怪自己干涉她的交友自由，不過去吧，又怕小雅的心意發生變化，「可惡，那個小真的很帥氣。」千鈞見二人談笑風生，大有一見鐘情之勢，再也忍不住了，站起來走過去。其實，小雅剛才已經發現千鈞坐在不遠處裝模作樣地看報紙。
剛巧健也吞吞吐吐地表示了愛慕之意，小雅微笑著婉拒了，「對不起了，小。那個我已經有男朋友了，雖然他沒有你那麼帥，不過我很喜歡他，他也非常愛我。你看，他已經走過來了。對了，你們上次也見過的。」小滿臉都是懊惱失望，「對不起啊，我不知道你已經有男朋友了，那……祝你幸福。」千鈞氣勢洶洶地走過來，直接坐在小雅身邊攬住她，「喂，我警告你啊，我才是她男友，我們已經是全壘打了。你不準打小雅注意，否則要你好看……」
小雅笑著推開千鈞，用力打他一下，給小做了簡單介紹，責怪千鈞，「你又亂來，還是那麼霸道蠻橫不講理。小，你別往心里去，我們雖然不能做男女朋友，但還可以是普通朋友啊！」健也失魂落魄地點頭答應，見二人如此親密，心里滿不是滋味。千鈞和小雅預祝他帶領修好學園奪得比賽冠軍，二人隨後拉著手起身離開，留下的小望著二人偎依在一起的背影悵然若失。
路上，小雅好奇，「千鈞，你為什麼說我們是全壘打？」千鈞有些尷尬，「全壘打是棒球術語……」小雅佯怒，「你少糊弄我，我比你更清楚，我總覺得不是什麼好話。」千鈞撓頭，邊說邊示範，「這個，也用來表示男女交往的程度。一壘表示牽手搭肩，二壘表示親吻擁抱，三壘則是觸模，本壘就是已經親密無間了，全壘打就是通通都有了。」小雅羞紅了臉，「千鈞，你這個大壞蛋，怎麼這麼討厭，居然說出這種話來，我要咬死你……」
小雅抱住千鈞狠狠咬在他脖子上，千鈞發出慘叫，「別咬啊……好疼……你是吸血鬼啊……」隨後趕來的靜楊和直子將千鈞從水深火熱中救出來，小雅氣呼呼地擦擦嘴，千鈞捂著傷口哀嚎。等問明白原因，靜楊也惱怒萬分，使勁掐了千鈞一下，「你腦子里整天想什麼呢？就不能有點正經想法？」直子也狠狠地踩他一腳，「虧我們還教給你棒球規則和術語，怎麼什麼東西到你那里都變質了，真真氣死人了！」三個人撇下忍痛道歉的千鈞，攜手揚長而去，千鈞大喊，「喂喂，你們別走啊，這個說法不是我發明的……」此後，三女跟千鈞進入短暫的冷戰階段。
半個月後，地區大賽正式召開，修好高中順利出賽，健也和江藤一起出現在賽場上，二人連起手來，修好高中的實力大大加強了，觀眾們也對棒球隊員投入的熱情感到驚訝。修好高中一路過關斬將，沖向秋季大賽的冠軍，大家都相信修好高中一定會獲得新的優勝錦旗。千鈞認真賠禮道歉後，靜楊、小雅、直子的氣也消得差不多了，就結束了冷戰，四人和好如初。大家本來擔心園子會傷心失望，沒想到園子已經調整過來，依然像以前一樣活潑開朗。小蘭她們都明白了，園子一定是又找到新的目標了。