申時行听後難掩激動之色，立即拱手而拜道︰「陛下此為良謀也！比禁天下書院講學，無疑更利國利民。」
「書院原本多靠地方官僚與鄉紳資助。」
「所以，要麼因官僚積蓄不足，故往往因一官僚重學校而興，也往往因一官僚輕視學校而衰；」
「也往往因當地新崛起的鄉紳願意助學而興，也往往因新崛起的鄉紳不願意助學而衰。」
「另外，又因為在書院講學者多為官紳，故書院從學和管理書院者，也就多得官紳庇佑而逃稅乃至侵民田產或強役兵民；故使市鄉之小民對其多為鄙夷。」
「也正因為書院講學者多為官紳，而百姓難進，所以，書院所講所傳之學多不切實際，多是空談心性，這也是太師不喜書院講學之原因。」
「若能由朝廷出資接管天下書院，一則可以免使書院擾民，二則也免治學之地不能延綿文道，三則也可免使書院講學之士紳皆是空談之輩，而能得朝廷引導，多重實際，為將來崇尚太師重事功之實學做準備。」
申時行附和起來，且對其做了一番分析。
如此，既是不讓天子覺得自己只是簡單的奉承而是真的有在思考，也讓天子看見自己是否與其理念一致。
「那就同時下詔，增設學部，拆分禮部舉業與學校事務于學部！」
「同時，下詔令各布政司學政官查緝天下書院，奏請為官學，且奏請所推山長和書院其他管事者為學部祭酒官和司業、博士等官，同國子監祭酒品級，直屬學部管理。」
「另外，各布政司學政官兼任學部侍郎官，以便于管理所在布政司的書院。」
朱翊鈞也就如此對申時行吩咐起來。
申時行听後拱手稱是。
于是，不久後，朝野就開始得知皇帝已下詔祀王守仁、陳獻章二儒于孔廟，還增設學部，收天下書院為官學。
「謂崇王則廢朱者，不知道固相成，並行不悖。蓋在朱時，朱與陸辯，盛氣相攻，兩家弟子有如仇敵，今並祀學宮。朱氏之學，昔既不以陸廢，今獨以王廢乎？」
「故守仁、朱熹學術，互相發明，不能因此廢彼，當令其從祀。」
張四維在《邸報》上看見詔旨內容後，就暗自念了起來。
一時，張四維念著念著就把《邸報》摔在了桉上︰
「先嚴行考成之法，現在又讓王、陳從祀孔廟，我這個首輔還沒下呢，他申吳縣就這麼迫不及待地要露自己鋒芒？！」
張四維突然覺得，自己可能會在史書上的評價，可能連申時行都不如，也就更為沮喪起來。
「讓王、陳從祀孔廟，這是要先鼓勵世人在道學上敢于離經叛道，然後在制度上也敢于繼續違背祖制嗎？」
而本就對時下內閣對推行考成而嚴重不滿的御史李植，則在看見這《邸報》後，頗為惱怒地對顧憲成、李三才等同僚說了起來。
「真是好文章全在起手，內閣這是有意亂天下人心！」
李三才也沉著臉說了起來。
顧憲成素來就對王學頗為批評，如今更是直接唾罵道︰「申吳縣果然非坦蕩君子！為讓天下人不再非議江陵，竟不惜先讓王、朱二派士人亂起來，轉移天下人視線！」
說著，顧憲成就又抬頭看向李三才、李植道︰「但的確是高招！」
李植則問道︰「那他申吳縣到底崇尚什麼學問？」
「他是江陵學生，但江陵不提倡講學，更不主張崇揚王學，饒是所留遺書里提到的學問已大不同昔日主張，但依舊是不主張空談的！而偏偏他又為王學正名，豈不有違師命？」
「卑鄙無恥之徒，自然是什麼利于他掌權，他就推崇什麼！」
「他估計唯一崇尚的就是權力！」
「他比張蒲州還要善于偽裝！」
李三才冷聲說了起來。
「這麼說來，又是一個權奸？」
李植听後問道。
顧憲成和李三才皆點首。
「也罷，且不管這權奸如何，我都得上疏請廢考成法！再這樣下去，恐出大事！」
李植這時說道。
顧憲成也點首說道︰「多發動一些人，一起聯名上疏，陛下應該明白，這樣考成下去，是不利帝祚的！」
「朝中如果人人都是海剛峰，那這個朝廷本身就不正常！」
「天子既然聖明，當應清楚，一起上疏吧。」
李三才也說了起來。
于是，不久之後，朱翊鈞就收到了許多請廢考成制度的奏疏，且理由都是，如今天下大治，再這麼嚴格考成，不合國家養士之制，尤其覺得內閣不該考成六科，而令言路不暢。
朱翊鈞則下旨讓這些人到政事堂廷議。
廷議是集中閣臣公卿與給事中、御史一起參與的議會制度。
朱翊鈞很多時候已經只和政事堂的執政公卿直接決議政務。
但這次事涉制度的廢與不廢，且他有意看看自己倚重的公黨官僚到底敢不敢為國家利益而爭，同時也想看看自己同意申時行所請，下詔讓王守仁從祀對崇尚王學的官員的拉攏效果。
所以，朱翊鈞就才讓這些大臣們廷議。
「考成法非祖制，內閣也非相府，不能專恣自斷！」
御史張文熙就因此在廷議上首先發難。
而御史李植則也跟著言道︰「內閣考成六科，會讓內閣首輔更有排擠異己的機會，且易使天下言路只听命于內閣首輔，而不听于天下民意！陛下將不能因此明斷也！」
「內閣又非一人，即便有首輔，也不能專斷，需同其他閣臣商議，而都有密揭之權，怎麼就會使言官因為被內閣管制而就只听命于內閣首輔？」
「難道內閣閣臣皆不是陛下所選正臣？」
刑部左侍郎王纂反駁起來。
「這樣的內閣更易黨同伐異，乃至比昔日徐、高、張之爭還要劇烈！如此，豈利國家穩定？」
御史張元熙繼續言道。
「難道無內閣，就不會滋生黨爭嗎，陛下是調和閣臣之爭容易，還是調和天下各鄉鄉黨之爭容易？」
兵部左侍郎曾省吾問道。
「曾確庵！」
「你這個獻媚權奸的無恥之徒，有什麼資格參與廷議！」
「你但凡要點顏面就當離開這里！」
李植見曾省吾等張居正黨羽在廷議上積極為內閣說話，加上被駁的不知如何回答，一時就惱羞成怒，指著曾省吾罵了起來。
「天子欽定的資格，汝是要言天子昏聵，不當為人君嗎？！」
張學顏這時質問道。
「我沒有！我只是。」
李植一時不知該如何說才好。
申時行見此則道︰「繼續議正事，不要人身攻訐！」
「我還是那句話，此非祖制！」
「另外，不獨尊程朱也非祖制，當請天子撤王、陳二人出孔廟！」
張文熙又說了起來。
師從王守仁的左都御史趙錦立即站起身來︰
「那照這麼說，貪墨六十兩以上者，剝皮楦草也是祖制，為何要改此祖制為萬歷十年前皆不問？！」
「如果皇命大于祖制，就請照祖制遵守，繼續追究萬歷十年以前的貪墨事！」
禮部左侍郎許國這時也跟著說了起來。
張文熙和李植等一時皆沉默了下來。
而最後因為改革派官員都不想被追究萬歷十年以前的事，再加上王學一派官員為了王守仁，也就聯合起來默契地都支持不廢考成，使得廷議結果最終是不廢考成。
結束廷議後，翰林院掌院沉鯉也因此對申時行笑著說了起來︰「吾總算是明白閣老為何突然要讓王、陳入孔廟了！」