又是兩個小時的清理過後，整艘宇宙飛船全部清理完畢。由于海底過于黑暗，水下機器人自帶的照明燈具功率有限，只能照亮方圓三五米的一小片地方，並不能看到整艘飛船的全貌。為了弄清楚宇宙飛船的整體構造，尋找史料記載中的那個出入口，大家各抒己見，想了很多的辦法。譬如運送大功率探照燈下海，照亮整艘飛船，進行拍攝；使用水下聲吶，對飛船的外形進行整體探測等等。但這些方法經過深入研究後，都被種種限制排除掉了，最後只剩下一種，那就是李翔提出的3D建模還原法得到了通過。
3D建模還原法實施起來也非常的簡單，只需在兩台水下機器人身上加裝一個中微子定位模塊。這樣借助太空中萬維科技發射的36顆中微子通訊導航衛星，就可以實時定位這兩台水下機器人的位置，定位精度甚至可以精確到厘米以下。裝完模塊之後，再將這兩台機器人放入海底，貼著宇宙飛船的外壁爬一遍。將它們爬過的路徑信息收集起來，然後輸入到3D建模軟件之中，這些點和線集中到一起，就共同構建出了宇宙飛船的外表輪廓。再將水下機器人先前拍攝的那些局部照片作為材質，覆蓋在模型相應的位置，一艘惟妙惟肖的宇宙飛船就此呈現在了電腦屏幕上。
李翔坐在電腦前，一通忙活，很快將最終結果呈現在眾人的面前。張學敏看著屏幕上越來越清晰的宇宙飛船，不由咂了咂嘴，吐槽道︰「這滄瀾星人的審美水平也不咋地，造出來的飛船跟個棒槌似的，怎麼看怎麼丑。」
「滄瀾人跟咱們都不是一種生物，審美有些差異也算正常。而且這是在宇宙中航行的飛船，根本不用考慮空氣動力問題，為了承載更多的人口逃離母星，當然是內部空間怎麼大怎麼造。在原材料總量不變的情況下，要取得最大的內部空間，除了圓球形狀，圓柱形狀就是最優方案了。而圓球形狀曲面太多，太難加工，滄瀾人最終選擇把移民飛船造成圓柱形狀也在情理之中。」
「我怎麼感覺這艘宇宙飛船像是少了一部分似的，沒有看到發動機，也沒有看到飛船的尾部，更關鍵的是，史料上記載的那個帶光線接引能力的出入口也沒有出現，這艘飛船會不會還有很大一部分依舊埋在海底淤泥之下？」
「你說的有道理，這艘移民飛船當年能矗立在亞特蘭蒂斯古城的中心，肯定就有一部分埋在了地下。在亞特蘭蒂斯古城整體沉入海底之後，又歷經上萬年的淤積，整艘飛船有一大半埋入了地下也不奇怪。」
「那現在怎麼辦，是直接在已經暴露的船身上開個窟窿進去，還是繼續向下挖掘，尋找史料記載中的出入口？」
「還是繼續挖掘吧，資料記載中的出入口距離地面還有一段不小的距離，現在被埋在了淤泥之下，距離海底也不會太遠。這樣一艘完整的宇宙飛船已經存在了數萬年之久，現在到了咱們的手上，怎麼忍心去破壞它。更何況這艘飛船的建造材料未知，外殼厚度未知，以咱們掌握的技術，能不能破壞的掉，還是個未知數。」
話事人耿懷遠拍板定下了發掘方案，自然再無人反對。兩台水下機器人充滿電之後，繼續下水，沿著宇宙飛船的邊緣向下挖掘。張學敏也帶著幾個手下返回電子實驗室，著手對其他水下機器人進行抗電磁干擾改造。在這兩天，中科院的商務機又跑了一趟國內，拉回來了幾十台水下機器人，和一批由萬維科技提供的高能版鋰空氣電池、中微子通訊模塊。所以張學敏等人並不缺改造素材，在他們的連夜忙碌之下，先後有三十多台水下機器人，投入到宇宙飛船的挖掘工作中。
這艘宇宙飛船埋起來的部分，遠遠超出了眾人的預料。即使這麼多水下機器人同時工作，一直挖掘到第四天，才找到資料中記載的那個出入口，而此時挖掘深度已經超過了50米之多。到了這個深度，再往下挖，依舊是飛船船身，沒有任何收斂或形狀變化的跡象，距離船尾還不知道有多深。
听到挖出了飛船入口，即使現在是中午吃飯的點，大家還是很快聚集在了甲板上，想要第一時間看到飛船內的場景。但是大家還是失望了，宇宙飛船的矩形入口被一扇金屬大門封的死死的，水下機器人嘗試了各種方法，也沒有把這扇大門打開。
「這就是宇宙飛船的入口，封的也太嚴實了吧，一點縫隙也沒有。」
「密封的好是好事，至少可以阻擋海水的入侵，可以保證飛船內的儀器物品不被海水侵蝕。」
「問題是現在咱們要怎麼進去，要進行暴力破門嗎？」
「耿所長，還記得咱們剛來那一天，張教授發掘出來的那一根黃金權杖嗎？按照史料記載，那根權杖是滄瀾人賜給神恩族國王的信物，也很可能是打開宇宙飛船大門的鑰匙。要不讓機器人拿著黃金權杖下去，接近飛船入口，試一試這扇大門會不會有反應。」
提出這個提議的當然是李翔，他先前鑒定過黃金權杖，知道它的真正用途，這才有此提議。
聞言，耿懷遠遲疑了一下，說道︰「亞特蘭斯蒂沉入海底已經超過萬年，這艘移民飛船存在的時間更是超過了三萬年，里面的電子設備，怕是早已停止運轉了。這黃金權杖就算真的是開門的鑰匙，經過了這麼多年，也難以起效了。」
李翔聳聳肩說道︰「能不能起效，也要試過才知道。這艘宇宙飛船周圍依舊能保持極強的電磁干擾，至少證明它的內部有部分設施仍在工作。如果咱們足夠的幸運，開門的檢測設施依舊在正常運行，那咱們就不用想方設法的去破門了，還免去了暴力破門可能存在的風險。」