順治三年（隆武二年、1646年）五月，滿清征南大將軍貝勒博洛乘虛突破錢塘江，紹興、杭州、義烏、金華等城相繼失守，南明宗室樂安郡王、楚親王、晉平郡王在金華殉國。
魯王則在石浦守將張名振護衛下自台州出海到達舟山，張煌言隨即趕回鄞縣故里，與老父、繼母、妻兒子女灑淚訣別，追隨魯王一行至舟山。
但舟山總兵、隆武帝所封肅虜侯黃斌卿卻拒絕接納，魯王只得逃往福建長垣。不久，魯王去廈門，張名振留舟山待機。張煌言與張名振待局勢稍定後，重返浙東與舟山地區，組織招募軍隊。而張煌言被魯王加授右僉都御史之職。
順治四年（永歷元年、1647年），滿清蘇松提督吳勝兆欲在蘇州反正，起事前聯絡定西侯張名振支持。張煌言勸張名振援吳勝兆，張名振遂命張煌言為監軍，徐孚遠副之。
于四月六日自岑江出發。不料四月十三日在崇明島外遇風暴而大敗。總督浙直水師戶部左侍郎沈廷揚、總兵蔡聰等將領十余人上岸後被滿清韃子俘獲，于七月三日就義。
而張煌言也因颶風吹翻船舶，陷入清軍之手七天，後來找到機會逃出到了海上。在途經黃岩時，又被追趕的清軍包圍並以箭射之，張煌言率領數騎突出包圍，自此他更加努力練習騎射。
並在浙東招募集結軍隊于上虞縣平岡寨屯田拒守。當地的多個山寨經常劫掠民眾，唯獨張煌言與王翊讓他們的部下不要擾民，深得百姓擁護。
順治十年（永歷七年）八月，張名振和監軍兵部侍郎張煌言帶領五六百艘戰船向北進發，來到長江口的崇明一帶沙洲。崇明城中的清軍兵力有限，不敢出戰，被圍長達八個月。
順治十二年（永歷九年），張名振與張煌言合兵三入長江，抵燕子磯，因兵力單弱，無功而返；于是會同鄭成功、甘輝、陳六御等收復舟山。
順治十五年（永歷十二年），永歷帝封鄭成功為延平郡王，張煌言為兵部左侍郎。同年清軍進至雲貴，鄭成功、張煌言進軍浙江，攻克樂清、寧海等地，在羊山遭遇台風，損戰船百余艘，漂沒戰士八千余人，被迫撤回廈門。
順治十六年（永歷十三年），張煌言與鄭成功一起再次率軍入長江作戰。先佔領崇明。後于六月一舉攻佔瓜洲。攻克瓜洲後，張煌言所率軍一萬，舟百艘西行攻克儀真，並進軍六合，沿途受到沿江民眾的熱烈歡迎。
張煌言于七月七日率軍趕到蕪湖，後兵分四路，分道攻城略地，且在沿途「移檄諸郡縣」，張貼文告。許多故明降清的舊官吏，見到文告，紛紛倒戈，「于是太平、寧國、池州、徽州、廣德及諸屬縣皆請降」，使義軍很快便收復了四府、三州、二十四縣，城池近三十座。
「來人止步，這里是軍營重地。」突然的喊話聲，拉回朱慈 發散的思緒，他抬頭一看，原來不知不覺來到一座規模宏大的軍營。
只听前方的沐忠亮，道︰「還不快去通傳，太子殿下要見延平王。」
「啊！太子殿下來了。」為首一位將領模樣的人一驚，連忙小跑來到朱慈 馬前，單膝跪地，抱拳行禮道︰「延平王麾下把總鄭福參見太子殿下。」
朱慈 翻身下馬，上前虛扶，道︰「鄭把總請起，我來拜見延平王殿下，還請通稟。」
「是，請太子殿下稍等，小人這就通傳。」鄭福再施一禮，掉頭飛快向軍營內跑去。
大約一刻多鐘，朱慈 見營內快步走出數名明軍將領，為首一人臉龐瘦削、細眉鳳眼、蓄短須、身穿一襲繡有五爪龍紋的藍色袍子，年約三十五歲左右的中年男子，他邊走邊問道︰「太子殿下在哪里？」
朱慈 一抱拳，「足下可是延平王？」
「正是本王，你是……太子？」鄭成功看著眼前英氣逼人的朱慈 道。
「朱慈 見過延平王殿下。」朱慈 雙手抱拳道。
「哎呀！早就听說，太子殿下英武不凡，自騰越擊殺逆臣錦衣衛指揮使馬吉翔，又領兵支援晉王，在磨盤山一戰斬殺逆賊吳三桂、韃子征南將軍趙布泰等數十名韃子將領，全殲三萬八旗精銳，大震我大明軍威。
後又率兵光復昆明、廣西、廣東。現又率兵千里來援，一戰收復江寧，我大明能有殿下，實乃我大明之福也。
殿下有所不知，當我听說殿下領兵在磨盤山斬殺逆賊吳三桂，全殲三萬韃子八旗精銳，平日少有飲酒的我，當晚高興，喝的酩酊大醉，我大明能有如此英勇的太子，何愁韃子不滅，山河不復。」
臥槽，雖說鄭成功高傲，一般看不起人，這完全顛覆了鄭成功在朱慈 心目中的形象，這情商不是挺高的嗎？這一通吹捧，說的朱慈 臉都紅了。
朱慈 連連擺手道︰延平王拗贊了，拗贊了。
「太子殿下，我可是一點也沒有夸贊你的意思，我鄭某人只是實話實說而已，崇明伯、張英、陳魁、陳鵬你們幾個還傻站在那兒干嘛，快來拜見我大明的少年英雄，太子殿下。」
被鄭成功叫道的崇明伯甘輝、五軍張英、右虎衛陳魁、陳鵬幾人上前一一單膝跪地，抱拳行禮。
「末將甘輝、張英、陳魁、陳鵬參見太子殿下。」
「哎呀！諸位都是我大明的股肱之臣，快快請起。」朱慈 親熱地把他們一一扶起。隨即把蔡九儀、沐忠亮介紹給鄭成功的諸將認識。
「哈哈哈！殿下請隨我進營。」鄭成功大笑著地拉著朱慈 的小手，邁開大步向軍營中走去。
在軍營的議事大殿，朱慈 和鄭成功等人歡聚一堂，進行了親切友好的交談。
朱慈 表示自己年紀尚幼，少不更事，拜托鄭成功主持江寧事務，穩定城內秩序。並對鄭成功派兵在城內巡邏，貼出告示穩定民心，建立粥棚，接濟饑民的行為表示贊賞。
鄭成功爽快地答應朱慈 的請托，保證穩定城內秩序，打擊趁機作亂之人，廣設粥棚，不讓一個百姓餓死。
眾人親切交談了一個多時辰，朱慈 才起身告辭，鄭成功率領營中諸將一直把朱慈 送到軍營轅門口，才一一惜別。